Genomic and evolutionary comparison between SARS-CoV-2 and other human coronaviruses.
Genomic and evolutionary comparison between SARS-CoV-2 and other human coronaviruses.
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SARS-CoV-2与其他人类冠状病毒的基因组和进化比较
DOI：
10.1016/j.jviromet.2020.114032
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发表时间：
2021-03
影响因子：
3.1
通讯作者：
Chan PKS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen Z;Boon SS;Wang MH;Chan RWY;Chan PKS
三种高致病性人类冠状病毒可引起严重急性呼吸综合征（SARS-CoV、SARS-CoV-2 和 MERS-CoV）。尽管系统发育分析表明人类冠状病毒古老地起源于动物亲戚，但它们的进化历史仍有待确定。利用系统发育学和“高阶基因组结构”（包括三聚体谱、密码子使用和二核苷酸抑制），我们观察到所有人类冠状病毒的明显聚类，这些冠状病毒与其最接近的动物亲戚形成系统发育分支，这表明它们在跨越物种屏障感染人类之前，在特定的生态位内包含了漫长的进化历史。 SARS-CoV 和 SARS-CoV-2 之间的密切关系意味着相似的进化起源。然而，与 SARS-CoV 和 MERS-CoV 相比，SARS-CoV-2 基因组中较低的有效密码子数 (ENC) 模式和 CpG 二核苷酸抑制可能意味着更好的宿主适应性，从而成功维持大流行。通过互补方法表征冠状病毒异质性丰富了我们对这些新兴人类病原体的进化和病毒与宿主相互作用的理解，而致病性的潜在机制基础值得进一步研究。
Three highly pathogenic human coronaviruses can cause severe acute respiratory syndrome (SARS-CoV, SARS-CoV-2 and MERS-CoV). Although phylogenetic analyses have indicated ancient origin of human coronaviruses from animal relatives, their evolutionary history remains to be established. Using phylogenetics and “high order genomic structures” including trimer spectrums, codon usage and dinucleotide suppression, we observed distinct clustering of all human coronaviruses that formed phylogenetic clades with their closest animal relatives, indicating they have encompassed long evolutionary histories within specific ecological niches before jumping species barrier to infect humans. The close relationships between SARS-CoV and SARS-CoV-2 imply similar evolutionary origin. However, a lower Effective Codon Number (ENC) pattern and CpG dinucleotide suppression in SARS-CoV-2 genomes compared to SARS-CoV and MERS-CoV may imply a better host fitness, and thus their success in sustaining a pandemic. Characterization of coronavirus heterogeneity via complementary approaches enriches our understanding on the evolution and virus-host interaction of these emerging human pathogens while the underlying mechanistic basis in pathogenicity warrants further investigation.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq224
发表时间：
2010-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Katoh K;Toh H
通讯作者：
Toh H
影响因子：
6.7
作者：
Calderon, Brenda M.;Danzy, Shamika;Steel, John
通讯作者：
Steel, John
影响因子：
5.8
作者：
Du L;Yang Y;Zhou Y;Lu L;Li F;Jiang S
通讯作者：
Jiang S
影响因子：
4.6
作者：
Milewska A;Kindler E;Vkovski P;Zeglen S;Ochman M;Thiel V;Rajfur Z;Pyrc K
通讯作者：
Pyrc K
DOI：
10.1038/nrmicro2090
发表时间：
2009-03
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--