Differential analysis of RNA-seq incorporating quantification uncertainty
Differential analysis of RNA-seq incorporating quantification uncertainty
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DOI：
10.1038/nmeth.4324
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发表时间：
2017-07-01
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Pachter, Lior
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Pimentel, Harold;Bray, Nicolas L.;Pachter, Lior
我们描述了sleuth（http：//pachterlab.github.io/sleuth），一种用于基因表达数据的差异分析的方法，其利用自举结合响应误差线性建模来将生物方差与推断方差解耦。sleuth是在一个互动的闪亮应用程序中实现的，该应用程序利用kallisto定量和引导程序对来自RNA-seq实验的数据进行快速准确的分析。
We describe sleuth (http://pachterlab.github.io/sleuth), a method for the differential analysis of gene expression data that utilizes bootstrapping in conjunction with response error linear modeling to decouple biological variance from inferential variance. sleuth is implemented in an interactive shiny app that utilizes kallisto quantifications and bootstraps for fast and accurate analysis of data from RNA-seq experiments.