A Practical Workflow for Organizing Clinical Intraoperative and Long-term iEEG Data in BIDS.
A Practical Workflow for Organizing Clinical Intraoperative and Long-term iEEG Data in BIDS.
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在BIDS中组织临床术中和长期iEEG数据的实用工作流程。
DOI：
10.1007/s12021-022-09567-6
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发表时间：
2022-07
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3
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文献类型：
--
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神经科学界越来越多地使用脑成像数据结构（BIDS）来组织数据，从MRI扩展到电生理数据。虽然开发了自动化工具和工作流程，可帮助组织从扫描仪到BIDS的MRI数据，但临床颅内EEG（iEEG数据）缺乏这些工作流程。我们提出了一个实用的工作流程，如何组织完整的临床iEEG癫痫数据到BIDS。我们目前的电生理数据集记录从12名受试者谁接受颅内监测，然后切除癫痫手术在荷兰乌得勒支大学医学中心，手术后成为无脑。这些数据包括来自6名患者的术中皮质电图记录，来自3名患者的长期皮质电图记录和来自3名患者的立体脑电图记录。我们描述了管道中的6个步骤，这些步骤对于将这些临床iEEG记录的数据结构化为BIDS以及在此过程中的挑战至关重要。这些拟议的工作流程使执行临床iEEG记录的中心能够构建其数据，以提高临床数据的可访问性、可重用性和互操作性。
The neuroscience community increasingly uses the Brain Imaging Data Structure (BIDS) to organize data, extending from MRI to electrophysiology data. While automated tools and workflows are developed that help organize MRI data from the scanner to BIDS, these workflows are lacking for clinical intracranial EEG (iEEG data). We present a practical workflow on how to organize full clinical iEEG epilepsy data into BIDS. We present electrophysiological datasets recorded from twelve subjects who underwent intracranial monitoring followed by resective epilepsy surgery at the University Medical Center Utrecht, the Netherlands, and became seizure-free after surgery. These data include intraoperative electrocorticography recordings from six patients, long-term electrocorticography recordings from three patients and stereo-encephalography recordings from three patients. We describe the 6 steps in the pipeline that are essential to structure the data from these clinical iEEG recordings into BIDS and the challenges during this process. These proposed workflow enable centers performing clinical iEEG recordings to structure their data to improve accessibility, reusability and interoperability of clinical data.
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