3D Axon structure extraction and analysis in confocal fluorescence microscopy images.
3D Axon structure extraction and analysis in confocal fluorescence microscopy images.
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DOI：
10.1162/neco.2008.05-07-519
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发表时间：
2008-08
影响因子：
2.9
通讯作者：
Wong ST
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang Y;Zhou X;Lu J;Lichtman J;Adjeroh D;Wong ST
轴突的形态学特性，如其分支模式和定向结构，是生物学家在研究神经元突触连接性时非常感兴趣的。在这些研究中，研究人员使用三重免疫荧光共聚焦显微镜来记录神经元过程的形态学变化。然后需要三维（3D）显微图像分析来提取神经元结构的形态特征。在这篇文章中，我们提出了一个高度自动化的三维中心线提取工具，以协助这项任务。对于这个项目来说，最困难的部分是一些轴突重叠，以至于区分它们的边界几乎不可见。我们的方法结合了三维动态规划（DP）技术和标记控制的分水岭算法来解决这个问题。该方法包括跟踪和更新沿着多个轴突的导航方向同时进行。实验结果表明，该方法能够快速、准确地提取多个轴突中心线，能够处理交叉截面、重叠物体等复杂轴突结构。
The morphological properties of axons, such as their branching patterns and oriented structures, are of great interest for biologists in the study of the synaptic connectivity of neurons. In these studies, researchers use triple immunofluorescent confocal microscopy to record morphological changes of neuronal processes. Three-dimensional (3D) microscopy image analysis is then required to extract morphological features of the neuronal structures. In this article, we propose a highly automated 3D centerline extraction tool to assist in this task. For this project, the most difficult part is that some axons are overlapping such that the boundaries distinguishing them are barely visible. Our approach combines a 3D dynamic programming (DP) technique and marker-controlled watershed algorithm to solve this problem. The approach consists of tracking and updating along the navigation directions of multiple axons simultaneously. The experimental results show that the proposed method can rapidly and accurately extract multiple axon centerlines and can handle complicated axon structures such as cross-over sections and overlapping objects.
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影响因子：
64.8
作者：
Kasthuri, N;Lichtman, JW
通讯作者：
Lichtman, JW
DOI：
10.1006/cgip.1993.1024
发表时间：
1993-09-01
期刊：
CVGIP-GRAPHICAL MODELS AND IMAGE PROCESSING
影响因子：
--
作者：
ADAMS, R
通讯作者：
ADAMS, R
DOI：
10.1111/j.1365-2818.1994.tb03433.x
发表时间：
1994-02-01
期刊：
JOURNAL OF MICROSCOPY-OXFORD
影响因子：
--
作者：
COHEN, AR;ROYSAM, B;TURNER, JN
通讯作者：
TURNER, JN
影响因子：
3.7
作者：
Meijering, E;Jacob, M;Unser, M
通讯作者：
Unser, M
影响因子：
3.7
作者：
Lin, G;Bjornsson, CS;Roysam, B
通讯作者：
Roysam, B