rrnDB: improved tools for interpreting rRNA gene abundance in bacteria and archaea and a new foundation for future development.
rrnDB: improved tools for interpreting rRNA gene abundance in bacteria and archaea and a new foundation for future development.
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DOI：
10.1093/nar/gku1201
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发表时间：
2015-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Schmidt TM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stoddard SF;Smith BJ;Hein R;Roller BR;Schmidt TM
微生物学家利用核糖体RNA基因作为微生物群落调查的分类学分子标记。rRNA基因通常作为rrn操纵子的一部分共同定位，并且该操纵子的多个拷贝存在于微生物生命树的基因组中。RRN拷贝数变异性提供了对微生物生活史的有价值的洞察，但是在分子调查中测量群落组成时引入了系统偏差。在这里，我们提出了一个更新的核糖体RNA操纵子拷贝数数据库（rrnDB），一个公开的，策展的细菌和古细菌的拷贝数信息的资源。重新设计的rrnDB（http：//rrndb.umms.med.umich.edu/）带来了所描述的基因组数量的大幅增加，改进了管理，将基因组映射到NCBI和RDP分类法，并改进了查询和分析这些数据的工具。有了这些变化，rrnDB在微生物基因组测序的洪流下更好地保持了综合资源。增强的rrnDB将有助于分子调查的分析和将基因组特征与生活史联系起来的研究。
Microbiologists utilize ribosomal RNA genes as molecular markers of taxonomy in surveys of microbial communities. rRNA genes are often co-located as part of an rrn operon, and multiple copies of this operon are present in genomes across the microbial tree of life. rrn copy number variability provides valuable insight into microbial life history, but introduces systematic bias when measuring community composition in molecular surveys. Here we present an update to the ribosomal RNA operon copy number database (rrnDB), a publicly available, curated resource for copy number information for bacteria and archaea. The redesigned rrnDB (http://rrndb.umms.med.umich.edu/) brings a substantial increase in the number of genomes described, improved curation, mapping of genomes to both NCBI and RDP taxonomies, and refined tools for querying and analyzing these data. With these changes, the rrnDB is better positioned to remain a comprehensive resource under the torrent of microbial genome sequencing. The enhanced rrnDB will contribute to the analysis of molecular surveys and to research linking genomic characteristics to life history.
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