ArrayExpress update--trends in database growth and links to data analysis tools.
ArrayExpress update--trends in database growth and links to data analysis tools.
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DOI：
10.1093/nar/gks1174
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发表时间：
2013-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Sarkans U
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rustici G;Kolesnikov N;Brandizi M;Burdett T;Dylag M;Emam I;Farne A;Hastings E;Ison J;Keays M;Kurbatova N;Malone J;Mani R;Mupo A;Pedro Pereira R;Pilicheva E;Rung J;Sharma A;Tang YA;Ternent T;Tikhonov A;Welter D;Williams E;Brazma A;Parkinson H;Sarkans U
ArrayExpress功能基因组学数据档案（http：//www.ebi.ac.uk/arrayexpress）是三个国际功能基因组学公共数据库之一，与NCBI的Gene Expression Omnibus和DDBJ组学档案一起支持同行评审出版物。它接受由测序或基于阵列的技术生成的数据，目前包含来自近100万次测定的数据，来自30000多个实验。基于测序的提交比例在过去两年中显著增长，2012年已达到所有新数据的15%。所有数据都可以从ArrayExpress以MAGE-TAB格式获得，该格式允许与数据分析和可视化工具（包括Bioconductor和GenomeSpace）进行强大的链接。此外，对于大部分ArrayExpress数据，已经生成了用于微阵列数据的R对象和用于测序数据的二进制比对格式文件。
The ArrayExpress Archive of Functional Genomics Data (http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress) is one of three international functional genomics public data repositories, alongside the Gene Expression Omnibus at NCBI and the DDBJ Omics Archive, supporting peer-reviewed publications. It accepts data generated by sequencing or array-based technologies and currently contains data from almost a million assays, from over 30 000 experiments. The proportion of sequencing-based submissions has grown significantly over the last 2 years and has reached, in 2012, 15% of all new data. All data are available from ArrayExpress in MAGE-TAB format, which allows robust linking to data analysis and visualization tools, including Bioconductor and GenomeSpace. Additionally, R objects, for microarray data, and binary alignment format files, for sequencing data, have been generated for a significant proportion of ArrayExpress data.
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影响因子：
14.9
作者：
Gostev M;Faulconbridge A;Brandizi M;Fernandez-Banet J;Sarkans U;Brazma A;Parkinson H
通讯作者：
Parkinson H
影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
影响因子：
5.8
作者：
Rayner, Tim F.;Rezwan, Faisal Ibne;Parkinson, Helen
通讯作者：
Parkinson, Helen
影响因子：
14.9
作者：
Barrett T;Troup DB;Wilhite SE;Ledoux P;Evangelista C;Kim IF;Tomashevsky M;Marshall KA;Phillippy KH;Sherman PM;Muertter RN;Holko M;Ayanbule O;Yefanov A;Soboleva A
通讯作者：
Soboleva A
影响因子：
14.9
作者：
Parkinson H;Sarkans U;Kolesnikov N;Abeygunawardena N;Burdett T;Dylag M;Emam I;Farne A;Hastings E;Holloway E;Kurbatova N;Lukk M;Malone J;Mani R;Pilicheva E;Rustici G;Sharma A;Williams E;Adamusiak T;Brandizi M;Sklyar N;Brazma A
通讯作者：
Brazma A