Metadata retrieval from sequence databases with ffq.
Metadata retrieval from sequence databases with ffq.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btac667
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发表时间：
2023-01-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
几个基因组数据库为不断增长的序列数据集集合托管数据和元数据。虽然这些数据库具有共享的层次结构，但没有专门设计的工具来利用它进行元数据提取。我们提出了一个命令行工具，称为ffq，查询用户生成的数据和元数据序列数据库。给定一个访问或论文的DOI，ffq可以有效地获取元数据并链接到JSON格式的原始数据。FFQ的模块性和简单性使其可扩展到任何基因组数据库，将其数据暴露给程序访问。 ffq是免费和开源的，代码可以在这里找到：https://github.com/pachterlab/ffq。
Several genomic databases host data and metadata for an ever-growing collection of sequence datasets. While these databases have a shared hierarchical structure, there are no tools specifically designed to leverage it for metadata extraction. We present a command-line tool, called ffq, for querying user-generated data and metadata from sequence databases. Given an accession or a paper’s DOI, ffq efficiently fetches metadata and links to raw data in JSON format. ffq’s modularity and simplicity make it extensible to any genomic database exposing its data for programmatic access. ffq is free and open source, and the code can be found here: https://github.com/pachterlab/ffq.
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影响因子：
18.4
作者：
Hippen AA;Greene CS
通讯作者：
Greene CS
DOI：
10.1093/database/bay019
发表时间：
2018-01-01
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Li Z;Li J;Yu P
通讯作者：
Yu P
DOI：
10.1093/database/baab021
发表时间：
2021-04-29
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Klie A;Tsui BY;Mollah S;Skola D;Dow M;Hsu CN;Carter H
通讯作者：
Carter H
影响因子：
4.3
作者：
Lung PY;Zhong D;Pang X;Li Y;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
影响因子：
--
作者：
MCILROY, MD;PINSON, EN;TAGUE, BA
通讯作者：
TAGUE, BA