SIMAGE: simulation of DNA-microarray gene expression data.
SIMAGE: simulation of DNA-microarray gene expression data.
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DOI：
10.1186/1471-2105-7-205
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发表时间：
2006-04-13
影响因子：
3
通讯作者：
van Hijum SA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Albers CJ;Jansen RC;Kok J;Kuipers OP;van Hijum SA
DNA微阵列数据的模拟至少有三个目的：(i)优化预期DNA微阵列实验的设计，（ii）比较现有的预处理和处理方法，以便对给定的DNA微阵列实验进行最佳分析，（iii）教育学生、实验室工作人员和其他研究人员，使他们意识到影响DNA微阵列实验的许多因素。我们的模型有多层影响实验的因素。这些因素的相对影响可能在实验室之间、实验室内的实验等方面存在显著差异。因此，我们增加了一个模块来从给定的数据集粗略估计它们的参数。这保证了我们的模拟数据尽可能接近真实数据。我们介绍了一种模拟双染料dna微阵列数据的模型，该模型与实际数据非常相似，并提出了该模型及其软件实现“SIMAGE”，即模拟微阵列基因表达数据。该软件可免费访问：。
Simulation of DNA-microarray data serves at least three purposes: (i) optimizing the design of an intended DNA microarray experiment, (ii) comparing existing pre-processing and processing methods for best analysis of a given DNA microarray experiment, (iii) educating students, lab-workers and other researchers by making them aware of the many factors influencing DNA microarray experiments. Our model has multiple layers of factors influencing the experiment. The relative influence of such factors can differ significantly between labs, experiments within labs, etc. Therefore, we have added a module to roughly estimate their parameters from a given data set. This guarantees that our simulated data mimics real data as closely as possible. We introduce a model for the simulation of dual-dye cDNA-microarray data closely resembling real data and coin the model and its software implementation "SIMAGE" which stands for simulation of microarray gene expression data. The software is freely accessible at: .
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影响因子：
4.8
作者：
den Hengst, CD;van Hijum, SAFT;Kuipers, OP
通讯作者：
Kuipers, OP
影响因子：
4.8
作者：
Piper, MDW;Daran-Lapujade, P;Pronk, JT
通讯作者：
Pronk, JT
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--
作者：
Wolkenhauer, O;Möller-Levet, C;Sanchez-Cabo, F
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Sanchez-Cabo, F
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作者：
van Hijum SA;de Jong A;Baerends RJ;Karsens HA;Kramer NE;Larsen R;den Hengst CD;Albers CJ;Kok J;Kuipers OP
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Kuipers OP
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5.8
作者：
Martin-Magniette, ML;Aubert, J;Daudin, JJ
通讯作者：
Daudin, JJ