A reference genome of the Chinese hamster based on a hybrid assembly strategy.
A reference genome of the Chinese hamster based on a hybrid assembly strategy.
复制标题
DOI：
10.1002/bit.26722
复制
发表时间：
2018-08
影响因子：
3.8
通讯作者：
Lee KH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rupp O;MacDonald ML;Li S;Dhiman H;Polson S;Griep S;Heffner K;Hernandez I;Brinkrolf K;Jadhav V;Samoudi M;Hao H;Kingham B;Goesmann A;Betenbaugh MJ;Lewis NE;Borth N;Lee KH
准确和完整的基因组序列在生物技术中是必不可少的，以促进基于基因组的细胞工程的努力。目前中国仓鼠灰环鼠的基因组组装是碎片化的，充满了间隙序列和错误组装，与大多数基于短读的组装一致。在这里，我们使用单分子实时测序完全重新测序了C. griseus，并将其与基于Illumina的组件合并。与单独使用任何一种技术相比，这产生了更连续、更完整的基因组组装，将支架的数量减少了bb1028倍，其中90%的序列位于122个最长的支架中。现在，大多数基因都是在单个支架中发现的，包括上行和下行调控元件，从而改进了对非编码区域的研究。填充了>95%的间隙序列，在草稿装配间隙中检测到重要的中国仓鼠卵巢细胞突变。这一新的大会将成为持续的基础和药物研究的宝贵资源。
Accurate and complete genome sequences are essential in biotechnology to facilitate genome‐based cell engineering efforts. The current genome assemblies for Cricetulus griseus, the Chinese hamster, are fragmented and replete with gap sequences and misassemblies, consistent with most short‐read‐based assemblies. Here, we completely resequenced C. griseus using single molecule real time sequencing and merged this with Illumina‐based assemblies. This generated a more contiguous and complete genome assembly than either technology alone, reducing the number of scaffolds by >28‐fold, with 90% of the sequence in the 122 longest scaffolds. Most genes are now found in single scaffolds, including up‐ and downstream regulatory elements, enabling improved study of noncoding regions. With >95% of the gap sequence filled, important Chinese hamster ovary cell mutations have been detected in draft assembly gaps. This new assembly will be an invaluable resource for continued basic and pharmaceutical research.
登录
查看更多内容
影响因子：
3.8
作者：
Feichtinger, Julia;Hernandez, Inmaculada;Fischer, Christoph;Hanscho, Michael;Auer, Norbert;Hackl, Matthias;Jadhav, Vaibhav;Baumann, Martina;Krempl, Peter M.;Schmidl, Christian;Farlik, Matthias;Schuster, Michael;Merkel, Angelika;Sommer, Andreas;Heath, Simon;Rico, Daniel;Bock, Christoph;Thallinger, Gerhard G.;Borth, Nicole
通讯作者：
Borth, Nicole
DOI：
10.1126/science.aae0344
发表时间：
2016-04-01
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Gordon D;Huddleston J;Chaisson MJ;Hill CM;Kronenberg ZN;Munson KM;Malig M;Raja A;Fiddes I;Hillier LW;Dunn C;Baker C;Armstrong J;Diekhans M;Paten B;Shendure J;Wilson RK;Haussler D;Chin CS;Eichler EE
通讯作者：
Eichler EE
DOI：
10.1073/pnas.82.10.3197
发表时间：
1985-01-01
影响因子：
11.1
作者：
ESKO, JD;STEWART, TE;TAYLOR, WH
通讯作者：
TAYLOR, WH
使用下一代 DNA 测序数据进行变异发现和基因分型的框架。
影响因子：
30.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3.7
作者：
ANDERSON, KP;LOW, MAL;DINOWITZ, M
通讯作者：
DINOWITZ, M