Energy landscapes of model polyalanines
Energy landscapes of model polyalanines
复制标题
模型聚丙氨酸的能量景观
DOI：
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发表时间：
2002
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
D. Wales
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Paul N. Mortenson;David A. Evans;D. Wales
采用基于特征向量跟踪的并行搜索算法生成Ac（ala）12 NHMe和Ac（ala）16 NHMe全原子模型的极小值和过渡态数据库。Cornell等人[J. Am. Soc.117，5179（1995）]在有和没有简单的隐式溶剂的情况下使用。我们使用一个主方程的方法来分析这两个系统的动力学，并使用断开图的势能景观的结果。两个能源景观的低洼地区进行了比较，发现是非常相似的。α-螺旋形成通过涉及N-和C-末端的一系列途径发生。还使用Mackerell等人[J. Phys. Chem. B 102，3586（1998）]的CHARMM 22力场定位两个系统的全局最小值，以与AMBER 95进行比较。
A parallel searching algorithm based on eigenvector-following is used to generate databases of minima and transition states for all-atom models of Ac(ala)12NHMe and Ac(ala)16NHMe. The AMBER95 force field of Cornell et al. [J. Am. Chem. Soc. 117, 5179 (1995)] is employed both with and without a simple implicit solvent. We use a master equation approach to analyze the dynamics of both systems, and relate the results to the potential energy landscapes using disconnectivity graphs. The low-lying regions of both energy landscapes are compared and found to be remarkably similar. α-helix formation occurs via an ensemble of pathways involving both the N- and C-termini. The global minima of the two systems are also located using the CHARMM22 force field of Mackerell et al. [J. Phys. Chem. B 102, 3586 (1998)], for comparison with AMBER95.
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影响因子：
2.9
作者：
Blondelle, SE;Forood, B;PerezPaya, E
通讯作者：
PerezPaya, E
富含丙氨酸的肽中带电或中性极性残基提供不寻常的α螺旋稳定化的物理原因。
DOI：
10.1073/pnas.240455797
发表时间：
2000
影响因子：
11.1
作者：
Vila,JA;Ripoll,DR;Scheraga,HA
通讯作者：
Scheraga,HA
影响因子：
2.9
作者：
Williams, S;Causgrove, TP;Dyer, RB
通讯作者：
Dyer, RB
螺旋传播的微观视图：丙氨酸螺旋中 N 端和 C 端螺旋的生长。
影响因子：
5.6
作者：
Young,WS;Brooks3rd,CL
通讯作者：
Brooks3rd,CL
DOI：
10.1073/pnas.96.7.3682
发表时间：
1999-03-30
影响因子：
11.1
作者：
Rohl, CA;Fiori, W;Baldwin, RL
通讯作者：
Baldwin, RL