SpBase: the sea urchin genome database and web site.
SpBase: the sea urchin genome database and web site.
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DOI：
10.1093/nar/gkn887
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Davidson E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cameron RA;Samanta M;Yuan A;He D;Davidson E
SpBase是一个专注于海胆和相关棘皮动物基因组信息的数据库系统。它通过一个提供开放源码软件的网站（http：//spbase.org/）向公众公布。该企业致力于提供一个易于使用的信息集合，以直接支持细胞和发育生物学中这些有用的研究模型的实验工作。数据库提供的信息来自紫色海胆（Strongylocentrotus purpuratus）的基因组序列草案，包括棘皮动物分支其他成员的序列数据和基因组资源描述，这些成员总共跨越了5.4亿年的进化时间。该版本的系统包含两个紫海胆基因组的组装，相关的表达序列，基因注释和辅助资源。提供了序列和基因注释的搜索机制。由于该系统与海胆基因组资源一起沿着维护，因此还提供了测序克隆的数据库。
SpBase is a system of databases focused on the genomic information from sea urchins and related echinoderms. It is exposed to the public through a web site served with open source software (http://spbase.org/). The enterprise was undertaken to provide an easily used collection of information to directly support experimental work on these useful research models in cell and developmental biology. The information served from the databases emerges from the draft genomic sequence of the purple sea urchin, Strongylocentrotus purpuratus and includes sequence data and genomic resource descriptions for other members of the echinoderm clade which in total span 540 million years of evolutionary time. This version of the system contains two assemblies of the purple sea urchin genome, associated expressed sequences, gene annotations and accessory resources. Search mechanisms for the sequences and the gene annotations are provided. Because the system is maintained along with the Sea Urchin Genome resource, a database of sequenced clones is also provided.
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