Cooperativity, absolute interaction, and algebraic optimization.
Cooperativity, absolute interaction, and algebraic optimization.
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DOI：
10.1007/s00285-020-01540-8
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发表时间：
2020-11
影响因子：
1.9
通讯作者：
Martini JWR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kaihnsa N;Ren Y;Safey El Din M;Martini JWR
我们考虑一个措施的协同性的基础上所需的最小的相互作用，以产生一个观察到的滴定行为。我们描述了相应的代数优化问题，并展示了如何使用非线性代数工具SCIP来解决它。此外，我们计算的最小相互作用和最小分子的几个结合多项式，描述在不同条件下的各种血红蛋白的氧结合。我们比较他们的最小相互作用与希尔图的最大斜率，并讨论了相似性和差异，以期对结合曲线的形状。
We consider a measure of cooperativity based on the minimal interaction required to generate an observed titration behavior. We describe the corresponding algebraic optimization problem and show how it can be solved using the nonlinear algebra tool SCIP. Moreover, we compute the minimal interactions and minimal molecules for several binding polynomials that describe the oxygen binding of various hemoglobins under different conditions. We compare their minimal interaction with the maximal slope of the Hill plot, and discuss similarities and discrepancies with a view towards the shapes of the binding curves.
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--
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