Immunogenetics. Chromatin state dynamics during blood formation.
Immunogenetics. Chromatin state dynamics during blood formation.
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DOI：
10.1126/science.1256271
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发表时间：
2014-08-22
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Amit I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lara-Astiaso D;Weiner A;Lorenzo-Vivas E;Zaretsky I;Jaitin DA;David E;Keren-Shaul H;Mildner A;Winter D;Jung S;Friedman N;Amit I
染色质修饰对发育至关重要，但对它们在分化过程中的动态知之甚少。造血提供了一个定义明确的模型来研究染色质状态动态，然而技术限制阻碍了同质分化中间体的分析。我们开发了一种高灵敏度的索引优先染色质免疫沉淀方法（iChIP），以分析造血分化16个阶段中4种染色质修饰的动态。我们确定了48，415个增强子区域并表征了它们的动态。我们发现，谱系承诺涉及从头建立17，035个谱系特异性增强子。这些增强子库扩增预示着分化细胞中的转录程序。结合我们的增强子目录与基因表达谱，我们阐明了控制染色质动力学和造血谱系规范的转录因子网络。总之，我们的研究结果提供了一个全面的模型，染色质动态发育过程中。
Chromatin modifications are crucial for development, yet little is known about their dynamics during differentiation. Hematopoiesis provides a well-defined model to study chromatin state dynamics, however technical limitations impede profiling of homogeneous differentiation intermediates. We developed a high sensitivity indexing-first chromatin immunoprecipitation approach (iChIP) to profile the dynamics of four chromatin modifications across 16 stages of hematopoietic differentiation. We identify 48,415 enhancer regions and characterize their dynamics. We find that lineage commitment involves de novo establishment of 17,035 lineage-specific enhancers. These enhancer repertoire expansions foreshadow transcriptional programs in differentiated cells. Combining our enhancer catalog with gene expression profiles, we elucidate the transcription factor network controlling chromatin dynamics and lineage specification in hematopoiesis. Together, our results provide a comprehensive model of chromatin dynamics during development.
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