Toward practical transparent verifiable and long-term reproducible research using Guix.
Toward practical transparent verifiable and long-term reproducible research using Guix.
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DOI：
10.1038/s41597-022-01720-9
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发表时间：
2022-10-04
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Tournier, Simon
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Vallet, Nicolas;Michonneau, David;Tournier, Simon
生殖危机促使科学家提高透明度，允许同行在从假设到结果执行相同的步骤后得出相同的结论。开发越来越多的资源来开放对方法、数据和源代码的访问。然而，计算环境，数据和运行分析的源代码之间的接口，没有得到解决。环境通常用与版本标签相关联的软件和库名称来描述，或者作为不透明的容器图像提供。这还不足以描述他们依赖于操作的依赖关系的复杂性。我们描述了这个问题，并说明了任何科学家都可以使用像Guix这样的开放工具来共享他们的环境，并允许同行复制它。一些研究步骤可能无法完全重现，但至少，计算的透明度在技术上是可以解决的。愿意促进透明度和开放科学的科学家应该考虑这些工具。
Reproducibility crisis urge scientists to promote transparency which allows peers to draw same conclusions after performing identical steps from hypothesis to results. Growing resources are developed to open the access to methods, data and source codes. Still, the computational environment, an interface between data and source code running analyses, is not addressed. Environments are usually described with software and library names associated with version labels or provided as an opaque container image. This is not enough to describe the complexity of the dependencies on which they rely to operate on. We describe this issue and illustrate how open tools like Guix can be used by any scientist to share their environment and allow peers to reproduce it. Some steps of research might not be fully reproducible, but at least, transparency for computation is technically addressable. These tools should be considered by scientists willing to promote transparency and open science.
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DOI：
10.1098/rsta.2020.0210
发表时间：
2021-05-17
影响因子：
5
作者：
Gundersen, Odd Erik
通讯作者：
Gundersen, Odd Erik
影响因子：
7.7
作者：
Lewis, L. Michelle;Edwards, Meredith C.;Blum, David
通讯作者：
Blum, David
影响因子：
7.7
作者：
McKiernan, Erin C.;Bourne, Philip E.;Yarkoni, Tal
通讯作者：
Yarkoni, Tal
影响因子：
7.7
作者：
Ma, Claire Y.;Marioni, John C.;Richard, Arianne C.
通讯作者：
Richard, Arianne C.
影响因子：
--
作者：
Kotecha, Nikesh;Krutzik, Peter O;Irish, Jonathan M
通讯作者：
Irish, Jonathan M