Profiling of 2'-O-Me in human rRNA reveals a subset of fractionally modified positions and provides evidence for ribosome heterogeneity.
Profiling of 2'-O-Me in human rRNA reveals a subset of fractionally modified positions and provides evidence for ribosome heterogeneity.
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在人rRNA中2'-O-ME的分析揭示了一部分部分修饰的位置，并提供了核糖体异质性的证据。
DOI：
10.1093/nar/gkw482
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发表时间：
2016-09-19
影响因子：
14.9
通讯作者：
Nielsen H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Krogh N;Jansson MD;Häfner SJ;Tehler D;Birkedal U;Christensen-Dalsgaard M;Lund AH;Nielsen H
核糖甲基化是人类核糖体RNA中两种最丰富的修饰之一，被认为对核糖体生物发生、mRNA选择性和翻译保真度很重要。我们将RiboMeth - seq应用于HeLa细胞的rRNA，对2′ - O - Me位点进行核糖体全范围的定量图谱绘制，获得了一套包含106个位点的综合数据，其中包括两个新位点，并且除了三个位点外，其余位点都有合理的box C/D引导RNA。我们发现大约三分之二的位点是完全甲基化的，其余位点是部分修饰的，这支持了RNA修饰水平上的核糖体异质性。与HCT116细胞的比较显示出相似的2′ - O - Me图谱，但在几个位点上存在明显差异。这项研究是首次使用高通量测序方法对人类rRNA中的2′ - O - Me位点进行全面图谱绘制。它确定了一组组成性甲基化位置的核心以及一组可变的、可能具有调控作用的位置的存在，并为在不同生理或病理条件下对rRNA甲基化变化的作用进行实验分析铺平了道路。
Ribose methylation is one of the two most abundant modifications in human ribosomal RNA and is believed to be important for ribosome biogenesis, mRNA selectivity and translational fidelity. We have applied RiboMeth-seq to rRNA from HeLa cells for ribosome-wide, quantitative mapping of 2′-O-Me sites and obtained a comprehensive set of 106 sites, including two novel sites, and with plausible box C/D guide RNAs assigned to all but three sites. We find approximately two-thirds of the sites to be fully methylated and the remainder to be fractionally modified in support of ribosome heterogeneity at the level of RNA modifications. A comparison to HCT116 cells reveals similar 2′-O-Me profiles with distinct differences at several sites. This study constitutes the first comprehensive mapping of 2′-O-Me sites in human rRNA using a high throughput sequencing approach. It establishes the existence of a core of constitutively methylated positions and a subset of variable, potentially regulatory positions, and paves the way for experimental analyses of the role of variations in rRNA methylation under different physiological or pathological settings.
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