A model of evolution and structure for multiple sequence alignment.
A model of evolution and structure for multiple sequence alignment.
复制标题
多个序列比对的进化和结构模型。
DOI：
10.1098/rstb.2008.0170
复制
发表时间：
2008-12-27
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Goldman N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Löytynoja A;Goldman N
我们已经开发了一种渐进式的对齐方法，将插入和缺失识别为不同的进化事件，从而避免了传统对齐方法产生的系统性错误。我们现在扩展这种方法，同时模拟区域异质性和演变。这种新的方法可以灵活地适应于比对的核苷酸或氨基酸序列的演变过程中，不同的基因组区域，是完全概率的，提供了一个估计的区域异质性的进化过程中，沿着对齐和测量的解决方案的本地可靠性。此外，取代过程的进化建模允许调整比对的灵敏度和特异性，并且如果目标是高特异性，则当序列的分歧超出同源性的有意义的检测时，使序列未比对。
We have developed a phylogeny-aware progressive alignment method that recognizes insertions and deletions as distinct evolutionary events and thus avoids systematic errors created by traditional alignment methods. We now extend this method to simultaneously model regional heterogeneity and evolution. This novel method can be flexibly adapted to alignment of nucleotide or amino acid sequences evolving under processes that vary over genomic regions and, being fully probabilistic, provides an estimate of regional heterogeneity of the evolutionary process along the alignment and a measure of local reliability of the solution. Furthermore, the evolutionary modelling of substitution process permits adjusting the sensitivity and specificity of the alignment and, if high specificity is aimed at, leaving sequences unaligned when their divergence is beyond a meaningful detection of homology.
登录
查看更多内容
影响因子：
3.9
作者：
THORNE, JL;KISHINO, H;FELSENSTEIN, J
通讯作者：
FELSENSTEIN, J
影响因子：
5.8
作者：
Edgar, RC;Sjölander, K
通讯作者：
Sjölander, K
影响因子：
5.8
作者：
Holmes, I.
通讯作者：
Holmes, I.
影响因子：
5.8
作者：
Karplus, K;Barrett, C;Hughey, R
通讯作者：
Hughey, R
影响因子：
3
作者：
Pollard DA;Bergman CM;Stoye J;Celniker SE;Eisen MB
通讯作者：
Eisen MB