CytofIn enables integrated analysis of public mass cytometry datasets using generalized anchors.
CytofIn enables integrated analysis of public mass cytometry datasets using generalized anchors.
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DOI：
10.1038/s41467-022-28484-5
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发表时间：
2022-02-17
影响因子：
16.6
通讯作者：
Davis KL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lo YC;Keyes TJ;Jager A;Sarno J;Domizi P;Majeti R;Sakamoto KM;Lacayo N;Mullighan CG;Waters J;Sahaf B;Bendall SC;Davis KL
质谱流式分析技术越来越多地用于分析临床样本，这为跨公共数据集进行比较分析提供了可能性。然而，批量标准化和数据集成方面的挑战限制了不打算一起分析的数据集的比较。在这里，我们提出了一种数据集成策略 CytofIn，使用广义锚点来集成来自公共领域的质谱流式数据集。我们证明，低方差对照（例如健康样本和稳定通道）本质上是同质的，对刺激具有鲁棒性，并且可以作为批量校正的广义锚。使用 CytofIn 标准化前后的 989 个白血病文件的质谱流式细胞术数据进行单细胞定量比较，证明了有效的批量校正，同时重现了金标准珠标准化。 CytofIn 整合了公共癌症数据集，可以比较不同组织学和治疗方法的免疫特征。我们展示了集成公共数据集的能力，无需相同的对照样品或珠标准品，即可使用 CytofIn 进行快速、稳健的分析。批量归一化和数据集成方面的挑战限制了现有质谱流式数据集的比较。在这里，作者报告了 CytofIn，它可以整合来自公共领域的质谱流式数据集，并通过分析五个公共癌症数据集来揭示与免疫肿瘤学相关的细胞特征。
The increasing use of mass cytometry for analyzing clinical samples offers the possibility to perform comparative analyses across public datasets. However, challenges in batch normalization and data integration limit the comparison of datasets not intended to be analyzed together. Here, we present a data integration strategy, CytofIn, using generalized anchors to integrate mass cytometry datasets from the public domain. We show that low-variance controls, such as healthy samples and stable channels, are inherently homogeneous, robust against stimulation, and can serve as generalized anchors for batch correction. Single-cell quantification comparing mass cytometry data from 989 leukemia files pre- and post normalization with CytofIn demonstrates effective batch correction while recapitulating the gold-standard bead normalization. CytofIn integration of public cancer datasets enabled the comparison of immune features across histologies and treatments. We demonstrate the ability to integrate public datasets without necessitating identical control samples or bead standards for fast and robust analysis using CytofIn. Challenges in batch normalization and data integration limit the comparison of existing mass cytometry datasets. Here, the authors report CytofIn that can integrate mass cytometry datasets from the public domain and reveal cellular features associated with immune oncology by analyzing five public cancer datasets.
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影响因子：
46.9
作者：
Becht, Etienne;McInnes, Leland;Newell, Evan W.
通讯作者：
Newell, Evan W.
影响因子：
64.5
作者：
Levine JH;Simonds EF;Bendall SC;Davis KL;Amir el-AD;Tadmor MD;Litvin O;Fienberg HG;Jager A;Zunder ER;Finck R;Gedman AL;Radtke I;Downing JR;Pe'er D;Nolan GP
通讯作者：
Nolan GP
影响因子：
48
作者：
Amodio, Matthew;van Dijk, David;Srinivasan, Krishnan;Chen, William S.;Mohsen, Hussein;Moon, Kevin R.;Campbell, Allison;Zhao, Yujiao;Wang, Xiaomei;Venkataswamy, Manjunatha;Desai, Anita;Ravi, V.;Kumar, Priti;Montgomery, Ruth;Wolf, Guy;Krishnaswamy, Smita
通讯作者：
Krishnaswamy, Smita
DOI：
10.1126/science.1198704
发表时间：
2011-05-06
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Bendall SC;Simonds EF;Qiu P;Amir el-AD;Krutzik PO;Finck R;Bruggner RV;Melamed R;Trejo A;Ornatsky OI;Balderas RS;Plevritis SK;Sachs K;Pe'er D;Tanner SD;Nolan GP
通讯作者：
Nolan GP
影响因子：
48
作者：
Korsunsky, Ilya;Millard, Nghia;Raychaudhuri, Soumya
通讯作者：
Raychaudhuri, Soumya