Inferring chromatin-bound protein complexes from genome-wide binding assays.
Inferring chromatin-bound protein complexes from genome-wide binding assays.
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从全基因组结合测定中推断出染色质结合的蛋白质复合物。
DOI：
10.1101/gr.149419.112
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发表时间：
2013-08
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Elemento O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Giannopoulou EG;Elemento O
全基因组结合测定可以确定单个转录因子在基因组中结合的位置。然而，这些因子很少单独结合染色质，而是经常与其他因子一起结合到顺式调节元件（克雷斯）上，从而形成蛋白质复合物。目前还没有一种综合分析方法可以预测哪些复合物在染色质上形成。在这里，我们描述了一种计算方法，系统地捕获蛋白质复合物，并推断其对基因表达的影响。我们将我们的方法应用于三种人类细胞类型，鉴定了数千种克雷斯，推断了这些克雷斯招募的已知和未描述的复合物，并确定了复合物作为激活剂或抑制剂的作用。重要的是，我们发现预测的复合物在其成员之间的物理相互作用比偶然预期的要多。我们的工作提供了一个机制，通过结合伙伴发展的基因调控的假说，并破译组合结合和基因表达之间的相互作用。
Genome-wide binding assays can determine where individual transcription factors bind in the genome. However, these factors rarely bind chromatin alone, but instead frequently bind to cis-regulatory elements (CREs) together with other factors thus forming protein complexes. Currently there are no integrative analytical approaches that can predict which complexes are formed on chromatin. Here, we describe a computational methodology to systematically capture protein complexes and infer their impact on gene expression. We applied our method to three human cell types, identified thousands of CREs, inferred known and undescribed complexes recruited to these CREs, and determined the role of the complexes as activators or repressors. Importantly, we found that the predicted complexes have a higher number of physical interactions between their members than expected by chance. Our work provides a mechanism for developing hypotheses about gene regulation via binding partners, and deciphering the interplay between combinatorial binding and gene expression.
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作者：
Ernst, Jason;Kheradpour, Pouya;Mikkelsen, Tarjei S.;Shoresh, Noam;Ward, Lucas D.;Epstein, Charles B.;Zhang, Xiaolan;Wang, Li;Issner, Robbyn;Coyne, Michael;Ku, Manching;Durham, Timothy;Kellis, Manolis;Bernstein, Bradley E.
通讯作者：
Bernstein, Bradley E.
影响因子：
9.8
作者：
ENCODE Project Consortium
通讯作者：
ENCODE Project Consortium
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影响因子：
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Göke J;Jung M;Behrens S;Chavez L;O'Keeffe S;Timmermann B;Lehrach H;Adjaye J;Vingron M
通讯作者：
Vingron M
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作者：
Kim, Hyunsoo;Park, Haesun
通讯作者：
Park, Haesun
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作者：
Kim, Jonghwan;Chu, Jianlin;Orkin, Stuart H.
通讯作者：
Orkin, Stuart H.