Metabolic reconstruction using shortest paths
Metabolic reconstruction using shortest paths
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DOI：
10.1016/s0928-4869(00)00006-9
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发表时间：
2000-04-15
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Arita, M
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Arita, M
本文介绍了一种面向图的代谢表示，并展示了如何应用最短路径算法来重建代谢途径。我们的代谢模型是由化合物的分子结构和酶的反应式构建的，其输出是由输入反应组成的所有逻辑上可能的途径。我们还展示了如何将假定的反应整合到模型中。 (C) 2000 Elsevier Science B.V. 保留所有权利。
This paper introduces a graph-oriented representation of metabolism, and shows how to apply the shortest path algorithm to reconstruct metabolic pathways. Our metabolic model is constructed from molecular structures of compounds and reaction formulas of enzymes, and its output is all the logically possible pathways consisting of input reactions. We also show how to integrate putative reactions in the model. (C) 2000 Elsevier Science B.V. All rights reserved.