An open-source pipeline for analysing changes in microglial morphology.
An open-source pipeline for analysing changes in microglial morphology.
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DOI：
10.1098/rsob.210045
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发表时间：
2021-08
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Hall CN
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Clarke D;Crombag HS;Hall CN
小胶质细胞形态学的变化是大脑炎症状态的有力指标。在这里，我们提供了一个开源的小胶质细胞形态分析管道，它首先清理和注册小胶质细胞的图像，然后提取62个描述小胶质细胞形态的参数。然后，它将对照和“炎症”训练数据进行比较，并使用降维来生成形态变化的单一指标（“炎症指数”）。然后可以计算该指数用于测试数据以评估炎症，正如我们通过研究杂合Cx 3CR 1-GFP小鼠短期高脂肪饮食消费的影响所证明的那样，发现饮食没有显著影响。我们的管道代表了第一个结合半自动图像处理和降维的开源小胶质细胞形态管道。它使用免费软件（ImageJ和R），可以应用于各种各样的实验范式。我们预计它将使其他人能够更容易地利用小胶质细胞形态学分析提供的强大见解。
Changes in microglial morphology are powerful indicators of the inflammatory state of the brain. Here, we provide an open-source microglia morphology analysis pipeline that first cleans and registers images of microglia, before extracting 62 parameters describing microglial morphology. It then compares control and ‘inflammation’ training data and uses dimensionality reduction to generate a single metric of morphological change (an ‘inflammation index’). This index can then be calculated for test data to assess inflammation, as we demonstrate by investigating the effect of short-term high-fat diet consumption in heterozygous Cx3CR1-GFP mice, finding no significant effects of diet. Our pipeline represents the first open-source microglia morphology pipeline combining semi-automated image processing and dimensionality reduction. It uses free software (ImageJ and R) and can be applied to a wide variety of experimental paradigms. We anticipate it will enable others to more easily take advantage of the powerful insights microglial morphology analysis provides.
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影响因子：
6.3
作者：
Calvo-Ochoa, Erika;Hernandez-Ortega, Karina;Arias, Clorinda
通讯作者：
Arias, Clorinda
影响因子：
14.8
作者：
Holtmaat, Anthony;Bonhoeffer, Tobias;Chow, David K.;Chuckowree, Jyoti;De Paola, Vincenzo;Hofer, Sonja B.;Huebener, Mark;Keck, Tara;Knott, Graham;Lee, Wei-Chung A.;Mostany, Ricardo;Mrsic-Flogel, Tom D.;Nedivi, Elly;Portera-Cailliau, Carlos;Svoboda, Karel;Trachtenberg, Joshua T.;Wilbrecht, Linda
通讯作者：
Wilbrecht, Linda
影响因子：
12.7
作者：
Baufeld C;Osterloh A;Prokop S;Miller KR;Heppner FL
通讯作者：
Heppner FL
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5.3
作者：
Cope, Elise C.;LaMarca, Elizabeth A.;Gould, Elizabeth
通讯作者：
Gould, Elizabeth
影响因子：
5.3
作者：
Fernández-Arjona MDM;Grondona JM;Granados-Durán P;Fernández-Llebrez P;López-Ávalos MD
通讯作者：
López-Ávalos MD