Rogue taxa phenomenon: a biological companion to simulation analysis.
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DOI：
10.1016/j.ympev.2013.05.010
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发表时间：
2013-10
影响因子：
4.1
通讯作者：
Neal, Matthew
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Westover, Kristi M.;Rusinko, Joseph P.;Hoin, Jon;Neal, Matthew
关键词：
为了提供一个基线的生物学比较，以模拟研究预测的频率流氓类群的影响，我们评估了一个流氓类群的影响，使用不同的多样性的病毒数据集的频率。使用一个四叉树框架，我们测量了一个流氓类群效应的频率在三个数据集的遗传变异性增加（病毒血清型内，病毒血清型之间，病毒家族之间），以测试是否流氓类群与各自的数据集的平均序列多样性。我们发现，随着核苷酸多样性的增加，流氓的百分比略有增加。尽管流氓的数量随着多样性的增加而增加，但流氓类型（友好，疯狂或邪恶）的分布并不依赖于多样性，并且在订单级数据集的情况下，净流氓效应略为正。这项研究，使用生物数据评估流氓类群效应的频率，表明模拟研究可能会过度预测流氓类群效应的患病率。有必要进行进一步的调查，以了解哪些类型的数据集容易受到负面流氓效应的影响，从而值得从大型系统发育重建中删除分类群。
To provide a baseline biological comparison to simulation study predictions about the frequency of rogue taxa effects, we evaluated the frequency of a rogue taxa effect using viral data sets which differed in diversity. Using a quartet-tree framework, we measured the frequency of a rogue taxa effect in three data sets of increasing genetic variability (within viral serotype, between viral serotype, and between viral family) to test whether the rogue taxa was correlated with the mean sequence diversity of the respective data sets. We found a slight increase in the percentage of rogues as nucleotide diversity increased. Even though the number of rogues increased with diversity, the distribution of the types of rogues (friendly, crazy, or evil) did not depend on the diversity and in the case of the order-level data set the net rogue effect was slightly positive. This study, assessing frequency of the rogue taxa effect using biological data, indicated that simulation studies may over-predict the prevalence of the rogue taxa effect. Further investigations are necessary to understand which types of data sets are susceptible to a negative rogue effect and thus merit the removal of taxa from large phylogenetic reconstructions.
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