Monitoring SARS-CoV-2 Populations in Wastewater by Amplicon Sequencing and Using the Novel Program SAM Refiner.
Monitoring SARS-CoV-2 Populations in Wastewater by Amplicon Sequencing and Using the Novel Program SAM Refiner.
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DOI：
10.3390/v13081647
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发表时间：
2021-08-19
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Johnson MC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gregory DA;Wieberg CG;Wenzel J;Lin CH;Johnson MC
从废水中对严重急性呼吸综合征冠状病毒2 （SARS-CoV-2）进行测序已成为监测病毒变体传播的有用工具。完成这项任务的方法多种多样，依赖于不同的测序方法和计算分析。为了跟踪废水中的病毒种群，我们使用了一种基于SARS-CoV-2刺突结构域扩增子测序的新型计算工作流。作为该工作流程的一部分，我们开发了一个程序，SAM Refiner，它具有各种输出，包括新的变体报告以及用于去除聚合酶链反应（PCR）产生的嵌合序列的功能。通过这些方法，我们能够追踪病毒种群的动态变化。我们在这里报告了两种变体的出现，B.1.1.7 （Alpha）和P.1 (Gamma)，以及它们在密苏里州下水道中取代D614G B.1变体的情况。
Sequencing Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) from wastewater has become a useful tool in monitoring the spread of viral variants. Approaches to this task have been varied, relying on differing sequencing methods and computational analyses. We used a novel computation workflow based on amplicon sequencing of SARS-CoV-2 spike domains in order to track viral populations in wastewater. As part of this workflow, we developed a program, SAM Refiner, that has a variety of outputs, including novel variant reporting as well as functions designed to remove polymerase chain reaction (PCR) generated chimeric sequences. With these methods, we were able to track viral population dynamics over time. We report here on the emergence of two variants of concern, B.1.1.7 (Alpha) and P.1 (Gamma), and their displacement of the D614G B.1 variant in a Missouri sewershed.
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影响因子：
7.7
作者：
Weisblum Y;Schmidt F;Zhang F;DaSilva J;Poston D;Lorenzi JC;Muecksch F;Rutkowska M;Hoffmann HH;Michailidis E;Gaebler C;Agudelo M;Cho A;Wang Z;Gazumyan A;Cipolla M;Luchsinger L;Hillyer CD;Caskey M;Robbiani DF;Rice CM;Nussenzweig MC;Hatziioannou T;Bieniasz PD
通讯作者：
Bieniasz PD
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
2.8
作者：
Ul-Rahman A;Shabbir MAB;Aziz MW;Yaqub S;Mehmood A;Raza MA;Shabbir MZ
通讯作者：
Shabbir MZ
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作者：
Medema, Gertjan;Heijnen, Leo;Brouwer, Anke
通讯作者：
Brouwer, Anke
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2.7
作者：
Rognes, Torbjorn;Flouri, Tomas;Mahe, Frederic
通讯作者：
Mahe, Frederic