An Ultralong Bovine CDRH3 that Targets a Conserved, Cryptic Epitope on SARS-CoV and SARS-CoV-2
An Ultralong Bovine CDRH3 that Targets a Conserved, Cryptic Epitope on SARS-CoV and SARS-CoV-2
复制标题
一种针对 SARS-CoV 和 SARS-CoV-2 上保守、隐蔽表位的超长牛 CDRH3
DOI：
10.1101/2022.04.06.487306
复制
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Burke M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Burke M
广泛中和抗体靶向保守表位的能力使它们作为基于抗体的治疗方法具有巨大的潜力，特别是在面对持续的病毒抗原进化时。某些牛抗体非常擅长结合保守的糖基化表位，这是由于它们的超长互补决定区（CDR）H3。在这里，我们使用SARS-naïve牛超长CDRH3文库和哺乳动物细胞展示，分离了一个与SARS-CoV和SARS-CoV-2受体结合域（RBD）结合的牛paratope。这可以中和带有SARS-CoV刺突蛋白的伪型病毒，但不会与结合ACE2的RBD竞争。相反，使用差分氢-氘交换质谱法和定点诱变，我们证明这种超长CDRH3识别一个很少被发现的、保守的、与泛sarbecvirus抗体（7D6/6D6）靶标重叠的隐式表位。表位是聚糖屏蔽的，只能通过结构域间运动短暂地进入。这代表了第一个牛抗sarbecvirus paratope，并突出了这种方法在识别对抗新出现病原体的新工具方面的力量。
The ability of broadly neutralising antibodies to target conserved epitopes gives them huge potential as antibody-based therapeutics, particularly in the face of constant viral antigen evolution. Certain bovine antibodies are highly adept at binding conserved, glycosylated epitopes, courtesy of their ultralong complementarity determining region (CDR)H3. Here, we used a SARS-naïve, bovine ultralong CDRH3 library and mammalian cell display, to isolate a bovine paratope that engages the SARS-CoV and SARS-CoV-2 receptor-binding domain (RBD). This neutralises viruses pseudo-typed with SARS-CoV Spike protein but not by competition with RBD binding to ACE2. Instead, using differential hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry and site-directed mutagenesis, we demonstrate that this ultralong CDRH3 recognises a rarely identified, conserved, cryptic epitope that overlaps the target of pan-sarbecovirus antibodies (7D6/6D6). The epitope is glycan-shielded and becomes accessible only transiently via inter-domain movements. This represents the first bovine anti-sarbecovirus paratope and highlights the power of this approach in identifying novel tools to combat emerging pathogens.
登录
查看更多内容
BNT162B2 mRNA COVID-19疫苗的安全性和功效。
DOI：
10.1056/nejmoa2034577
发表时间：
2020-12-31
期刊：
The New England journal of medicine
影响因子：
--
作者：
Polack FP;Thomas SJ;Kitchin N;Absalon J;Gurtman A;Lockhart S;Perez JL;Pérez Marc G;Moreira ED;Zerbini C;Bailey R;Swanson KA;Roychoudhury S;Koury K;Li P;Kalina WV;Cooper D;Frenck RW Jr;Hammitt LL;Türeci Ö;Nell H;Schaefer A;Ünal S;Tresnan DB;Mather S;Dormitzer PR;Şahin U;Jansen KU;Gruber WC;C4591001 Clinical Trial Group
通讯作者：
C4591001 Clinical Trial Group
DOI：
10.1056/nejmoa2035389
发表时间：
2021-02-04
期刊：
The New England journal of medicine
影响因子：
--
作者：
Baden LR;El Sahly HM;Essink B;Kotloff K;Frey S;Novak R;Diemert D;Spector SA;Rouphael N;Creech CB;McGettigan J;Khetan S;Segall N;Solis J;Brosz A;Fierro C;Schwartz H;Neuzil K;Corey L;Gilbert P;Janes H;Follmann D;Marovich M;Mascola J;Polakowski L;Ledgerwood J;Graham BS;Bennett H;Pajon R;Knightly C;Leav B;Deng W;Zhou H;Han S;Ivarsson M;Miller J;Zaks T;COVE Study Group
通讯作者：
COVE Study Group
DOI：
10.1016/j.jbc.2022.101772
发表时间：
2022-04
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
Sarker A;Rathore AS;Khalid MF;Gupta RD
通讯作者：
Gupta RD
影响因子：
4.4
作者：
Saini, SS;Farrugia, W;Kaushik, AK
通讯作者：
Kaushik, AK
DOI：
10.1093/protein/gzg093
发表时间：
2003-10-01
期刊：
PROTEIN ENGINEERING
影响因子：
--
作者：
Yang, K;Basu, A;Filpula, D
通讯作者：
Filpula, D