Integrating Multiple Quantitative Proteomic Analyses Using MetaMSD.
Integrating Multiple Quantitative Proteomic Analyses Using MetaMSD.
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使用 MetaMSD 整合多种定量蛋白质组分析。
DOI：
10.1007/978-1-0716-1967-4_16
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Kim,Sujung
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Ryu,SoYoung;Yun,MiriamP;Kim,Sujung
MetaMSD是一个蛋白质组学软件，它使用统计汇总组合方法整合多个定量质谱数据分析结果。通过利用该软件，科学家可以将其试点和主要研究的结果联合收割机结合起来，以最大限度地提高生物标志物的发现，同时有效地控制错误发现率。它还用于组合由不同标记技术和/或不同类型的质谱仪器生成的蛋白质组数据集。凭借这些优势，MetaMSD使生物研究人员能够探索公共存储库中的各种蛋白质组数据集，以发现新的生物标志物并为未来的研究产生有趣的假设。在本协议中，我们提供了一个分步程序，介绍如何使用MetaMSD安装和执行定量蛋白质组学荟萃分析。
MetaMSD is a proteomic software that integrates multiple quantitative mass spectrometry data analysis results using statistical summary combination approaches. By utilizing this software, scientists can combine results from their pilot and main studies to maximize their biomarker discovery while effectively controlling false discovery rates. It also works for combining proteomic datasets generated by different labeling techniques and/or different types of mass spectrometry instruments. With these advantages, MetaMSD enables biological researchers to explore various proteomic datasets in public repositories to discover new biomarkers and generate interesting hypotheses for future studies. In this protocol, we provide a step-by-step procedure on how to install and perform a meta-analysis for quantitative proteomics using MetaMSD.