A functional proteomics platform to reveal the sequence determinants of lysine methyltransferase substrate selectivity.
A functional proteomics platform to reveal the sequence determinants of lysine methyltransferase substrate selectivity.
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DOI：
10.1126/sciadv.aav2623
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发表时间：
2018-11
期刊：
影响因子：
13.6
通讯作者：
Rothbart SB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cornett EM;Dickson BM;Krajewski K;Spellmon N;Umstead A;Vaughan RM;Shaw KM;Versluis PP;Cowles MW;Brunzelle J;Yang Z;Vega IE;Sun ZW;Rothbart SB
映射赖氨酸甲基转移酶底物选择性揭示了赖氨酸甲基化的蛋白质组范围内的差距。赖氨酸甲基化是组蛋白功能的关键调节因子。除了组蛋白之外，很少有人与负责这些翻译后修饰沉积的酶联系起来。在这里，我们首次推出了一个高通量的功能蛋白质组学平台，映射的赖氨酸甲基转移酶（KMT）底物选择性的序列决定因素，而没有先验知识的底物或目标蛋白质组。我们证明了这种方法的预测能力，用于识别KMT底物，生成抑制剂设计的支架，并预测错义突变对赖氨酸甲基化信号传导的影响。通过将KMT选择性概况与可用的赖氨酸甲基化组数据集进行比较，我们揭示了优选的KMT底物与使用标准质谱管道检测这些基序的能力之间的断开。总的来说，我们的研究验证了使用这个平台来指导赖氨酸甲基化信号传导的研究，并表明赖氨酸甲基化的蛋白质组范围内存在大量空白。
Mapping lysine methyltransferase substrate selectivity reveals gaps in the proteome-wide curation of lysine methylomes. Lysine methylation is a key regulator of histone protein function. Beyond histones, few connections have been made to the enzymes responsible for the deposition of these posttranslational modifications. Here, we debut a high-throughput functional proteomics platform that maps the sequence determinants of lysine methyltransferase (KMT) substrate selectivity without a priori knowledge of a substrate or target proteome. We demonstrate the predictive power of this approach for identifying KMT substrates, generating scaffolds for inhibitor design, and predicting the impact of missense mutations on lysine methylation signaling. By comparing KMT selectivity profiles to available lysine methylome datasets, we reveal a disconnect between preferred KMT substrates and the ability to detect these motifs using standard mass spectrometry pipelines. Collectively, our studies validate the use of this platform for guiding the study of lysine methylation signaling and suggest that substantial gaps exist in proteome-wide curation of lysine methylomes.
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影响因子：
7.3
作者：
Eggert E;Hillig RC;Koehr S;Stöckigt D;Weiske J;Barak N;Mowat J;Brumby T;Christ CD;Ter Laak A;Lang T;Fernandez-Montalvan AE;Badock V;Weinmann H;Hartung IV;Barsyte-Lovejoy D;Szewczyk M;Kennedy S;Li F;Vedadi M;Brown PJ;Santhakumar V;Arrowsmith CH;Stellfeld T;Stresemann C
通讯作者：
Stresemann C
影响因子：
64.5
作者：
Creixell P;Schoof EM;Simpson CD;Longden J;Miller CJ;Lou HJ;Perryman L;Cox TR;Zivanovic N;Palmeri A;Wesolowska-Andersen A;Helmer-Citterich M;Ferkinghoff-Borg J;Itamochi H;Bodenmiller B;Erler JT;Turk BE;Linding R
通讯作者：
Linding R
影响因子：
7.3
作者：
Cowen, Scott D.;Russell, Daniel;Ferguson, Andrew D.
通讯作者：
Ferguson, Andrew D.
影响因子：
14.9
作者：
Obenauer, JC;Cantley, LC;Yaffe, MB
通讯作者：
Yaffe, MB
DOI：
10.1107/s0907444909042073
发表时间：
2010-01
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
影响因子：
--
作者：
Chen VB;Arendall WB 3rd;Headd JJ;Keedy DA;Immormino RM;Kapral GJ;Murray LW;Richardson JS;Richardson DC
通讯作者：
Richardson DC