The HHpred interactive server for protein homology detection and structure prediction.
The HHpred interactive server for protein homology detection and structure prediction.
复制标题
用于蛋白质同源性检测和结构预测的 HHpred 交互式服务器。
DOI：
10.1093/nar/gki408
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发表时间：
2005-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lupas, AN
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Söding, J;Biegert, A;Lupas, AN
HHpred是一个用于远程蛋白质同源性检测和结构预测的快速服务器，并且是第一个实现轮廓隐马尔可夫模型（HSPs）的成对比较的服务器。它允许搜索广泛的数据库，如PDB，SCOP，Pfam，SMART，COG和CDD。它接受单个查询序列或多个比对作为输入。在短短几分钟内，它以类似于PSI-BLAST的用户友好格式返回搜索结果。搜索选项包括局部或全局比对和二级结构相似性评分。HHpred可以产生成对查询-模板比对，查询与从搜索结果中选择的一组模板的多重比对，以及由MODELLER软件从这些比对计算的3D结构模型。提供详细的帮助工具。作为示范，我们分析了SpoVT的序列，SpoVT是枯草芽孢杆菌的转录调节因子。HHpred可以访问。
HHpred is a fast server for remote protein homology detection and structure prediction and is the first to implement pairwise comparison of profile hidden Markov models (HMMs). It allows to search a wide choice of databases, such as the PDB, SCOP, Pfam, SMART, COGs and CDD. It accepts a single query sequence or a multiple alignment as input. Within only a few minutes it returns the search results in a user-friendly format similar to that of PSI-BLAST. Search options include local or global alignment and scoring secondary structure similarity. HHpred can produce pairwise query-template alignments, multiple alignments of the query with a set of templates selected from the search results, as well as 3D structural models that are calculated by the MODELLER software from these alignments. A detailed help facility is available. As a demonstration, we analyze the sequence of SpoVT, a transcriptional regulator from Bacillus subtilis. HHpred can be accessed at .
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影响因子：
2.9
作者：
Kihara, D;Jeffrey, S
通讯作者：
Jeffrey, S
影响因子：
14.9
作者：
Panchenko, AR
通讯作者：
Panchenko, AR
DOI：
10.1073/pnas.0405913101
发表时间：
2004-10-05
影响因子：
11.1
作者：
Rand, TA;Ginalski, K;Wang, XD
通讯作者：
Wang, XD
影响因子：
14.9
作者：
Pawlak SD;Radlinska M;Chmiel AA;Bujnicki JM;Skowronek KJ
通讯作者：
Skowronek KJ
影响因子：
5.8
作者：
Söding, J
通讯作者：
Söding, J