An improved relaxed complex scheme for receptor flexibility in computer-aided drug design.
An improved relaxed complex scheme for receptor flexibility in computer-aided drug design.
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DOI：
10.1007/s10822-007-9159-2
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发表时间：
2008-09
影响因子：
3.5
通讯作者：
McCammon, J. Andrew
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Amaro, Rommie E.;Baron, Riccardo;McCammon, J. Andrew
关键词：
缔合大分子之间的相互作用是动态的，这增加了分子识别的复杂性。虽然配体的灵活性在计算药物设计中得到了很好的考虑，但受体灵活性的有效纳入仍然是一个重要的挑战。松弛的复杂计划（RCS）是一个很有前途的计算方法，它结合了对接算法的优点与分子动力学（MD）模拟提供的动态结构信息，因此明确占受体和对接配体的灵活性。在这里，我们简要回顾RCS和讨论新的扩展和改进的配体结合的背景下，这种方法的两个示例目标：动质体RNA编辑连接酶1和细胞色素c过氧化物酶的W191G腔突变体。RCS的改进包括其扩展到虚拟筛选，更严格的本地和全球的结合效果的表征，和方法，以提高其计算效率，通过减少受体系综的一组代表性的配置。受体合奏的选择，其对RCS的预测能力的影响，以及目前的限制，为准确的治疗溶剂的贡献也进行了简要讨论。最后，我们概述了潜在的方法改进，我们预计这些改进将有助于未来的发展。
The interactions among associating (macro)molecules are dynamic, which adds to the complexity of molecular recognition. While ligand flexibility is well accounted for in computational drug design, the effective inclusion of receptor flexibility remains an important challenge. The relaxed complex scheme (RCS) is a promising computational methodology that combines the advantages of docking algorithms with dynamic structural information provided by molecular dynamics (MD) simulations, therefore explicitly accounting for the flexibility of both the receptor and the docked ligands. Here, we briefly review the RCS and discuss new extensions and improvements of this methodology in the context of ligand binding to two example targets: kinetoplastid RNA editing ligase 1 and the W191G cavity mutant of cytochrome c peroxidase. The RCS improvements include its extension to virtual screening, more rigorous characterization of local and global binding effects, and methods to improve its computational efficiency by reducing the receptor ensemble to a representative set of configurations. The choice of receptor ensemble, its influence on the predictive power of RCS, and the current limitations for an accurate treatment of the solvent contributions are also briefly discussed. Finally, we outline potential methodological improvements that we anticipate will assist future development.
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影响因子：
3.8
作者：
Amaro RE;Swift RV;McCammon JA
通讯作者：
McCammon JA
影响因子：
2.9
作者：
Almlof, Martin;Ander, Martin;Aqvist, Johan
通讯作者：
Aqvist, Johan
影响因子：
2.1
作者：
Baron, R;Bakowies, D;Van Gunsteren, WF
通讯作者：
Van Gunsteren, WF
DOI：
10.1093/protein/7.3.385
发表时间：
1994-03-01
期刊：
PROTEIN ENGINEERING
影响因子：
--
作者：
AQVIST, J;MEDINA, C;SAMUELSSON, JE
通讯作者：
SAMUELSSON, JE
天冬氨酸-235 在细胞色素-c 过氧化物酶自由基部位的人工空腔中与阳离子结合的作用
影响因子：
8
作者：
FITZGERALD, MM;TRESTER, ML;GOODIN, DB
通讯作者：
GOODIN, DB