Network-Wide Screen Identifies Variation of Novel Precise On-Module Targets Using Conformational Modudaoism.
Network-Wide Screen Identifies Variation of Novel Precise On-Module Targets Using Conformational Modudaoism.
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网络范围的屏幕使用构象 Modudaoism 识别新型精确模块上目标的变化。
DOI：
10.1002/psp4.12253
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发表时间：
2018-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Wang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li B;Liu J;Yu Y;Wang P;Zhang Y;Ni X;Liu Q;Zhang X;Wang Z;Wang Y
模块化靶向在网络水平的药物研究中很有前景，但定量识别精确的模块具有挑战性。基于提出的Modudaoism（MD），我们定义了保守MD（MDc）和变化MD（MDv）来定量评估模块的构象和能量变化，从而识别保守和差异的变构模块（AM）。与Zsummary相比，MDc/MDv在模块保留率和模块结构方面得到了优化。在小鼠抗缺血网络中，MDc 和 MDv 鉴定出 3、5 和 1 个保守的 AM 以及黄芩苷 (BA)、茉莉苷 (JA) 和熊去氧胆酸 (UA) 的 4、1 和 3 个模块，揭示了 5 个独特的 AM 及其特征作用。此外，免疫共沉淀（Co-IP）实验验证了代表性的模块化结构。 MDc/MDv方法可以定量定义模块的构象变化并在网络范围内筛选精确的模块，这可能为药物发现提供一种有前景的策略。
Modular targeting is promising in drug research at the network level, but it is challenging to quantificationally identify the precise on‐modules. Based on a proposed Modudaoism (MD), we defined conserved MD (MDc) and varied MD (MDv) to quantitatively evaluate the conformational and energy variations of modules, and thereby identify the conserved and discrepant allosteric modules (AMs). Compared to the Zsummary, MDc/MDv got an optimized result of module preserved ratio and modular structure. In the mice anti‐ischemic networks, 3, 5, and 1 conserved AMs as well as 4, 1, and 3 on‐modules of baicalin (BA), jasminoidin (JA), and ursodeoxycholic acid (UA) were identified by MDc and MDv, 5 unique AMs and their characteristic actions were revealed. Besides, co‐immunoprecipitation (Co‐IP) experiments validated the representative modular structure. MDc/MDv method can quantitatively define the conformational variations of modules and screen the precise on‐modules network‐wide, which may provide a promising strategy for drug discovery.
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影响因子：
4.6
作者：
Li B;Zhang Y;Yu Y;Wang P;Wang Y;Wang Z;Wang Y
通讯作者：
Wang Y
WGCNA：用于加权相关网络分析的 R 包。
影响因子：
3
作者：
Langfelder P;Horvath S
通讯作者：
Horvath S
DOI：
10.1016/b978-0-12-394309-5.00006-7
发表时间：
2012
影响因子：
--
作者：
Kalogeris, Theodore;Baines, Christopher P.;Krenz, Maike;Korthuis, Ronald J.
通讯作者：
Korthuis, Ronald J.
影响因子：
4.3
作者：
Langfelder P;Luo R;Oldham MC;Horvath S
通讯作者：
Horvath S
影响因子：
12.3
作者：
Herschkowitz JI;Simin K;Weigman VJ;Mikaelian I;Usary J;Hu Z;Rasmussen KE;Jones LP;Assefnia S;Chandrasekharan S;Backlund MG;Yin Y;Khramtsov AI;Bastein R;Quackenbush J;Glazer RI;Brown PH;Green JE;Kopelovich L;Furth PA;Palazzo JP;Olopade OI;Bernard PS;Churchill GA;Van Dyke T;Perou CM
通讯作者：
Perou CM