Drug design and repurposing with DockThor-VS web server focusing on SARS-CoV-2 therapeutic targets and their non-synonym variants.
Drug design and repurposing with DockThor-VS web server focusing on SARS-CoV-2 therapeutic targets and their non-synonym variants.
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DOI：
10.1038/s41598-021-84700-0
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发表时间：
2021-03-10
影响因子：
4.6
通讯作者：
Dardenne LE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Guedes IA;Costa LSC;Dos Santos KB;Karl ALM;Rocha GK;Teixeira IM;Galheigo MM;Medeiros V;Krempser E;Custódio FL;Barbosa HJC;Nicolás MF;Dardenne LE
由SARS-CoV-2病毒引起的COVID-19于二零二零年三月被世界卫生组织（WHO）宣布为大流行性疾病。基于对接方法的基于结构的药物设计策略已被广泛用于新药开发和药物再利用，以找到针对这种疾病的有效治疗方法。在这项工作中，我们提出了在DockThor-VS网络服务器中实现的发展，以提供一个虚拟筛选（VS）平台，该平台具有来自SARS-CoV-2的潜在治疗靶点的策划结构，并结合有关非同义变异的遗传信息。网络服务器有助于重新利用VS实验，提供市场上目前可用药物的精选库。目前，DockThor-VS为野生型和Nsp 3（木瓜蛋白酶样，PLpro结构域），Nsp 5（Mpro，3CLpro），Nsp 12（RdRp），Nsp 15（NendoU），N蛋白和Spike的选定突变提供了现成的对接3D结构。我们对FDA批准的药物进行了VS实验，考虑了网络服务器上可用的治疗靶点，以评估考虑不同结构和突变的影响，以确定SARS-CoV-2感染的可能新治疗方法。DockThor-VS可在www.dockthor.lncc.br上免费获得。
The COVID-19 caused by the SARS-CoV-2 virus was declared a pandemic disease in March 2020 by the World Health Organization (WHO). Structure-Based Drug Design strategies based on docking methodologies have been widely used for both new drug development and drug repurposing to find effective treatments against this disease. In this work, we present the developments implemented in the DockThor-VS web server to provide a virtual screening (VS) platform with curated structures of potential therapeutic targets from SARS-CoV-2 incorporating genetic information regarding relevant non-synonymous variations. The web server facilitates repurposing VS experiments providing curated libraries of currently available drugs on the market. At present, DockThor-VS provides ready-for-docking 3D structures for wild type and selected mutations for Nsp3 (papain-like, PLpro domain), Nsp5 (Mpro, 3CLpro), Nsp12 (RdRp), Nsp15 (NendoU), N protein, and Spike. We performed VS experiments of FDA-approved drugs considering the therapeutic targets available at the web server to assess the impact of considering different structures and mutations to identify possible new treatments of SARS-CoV-2 infections. The DockThor-VS is freely available at www.dockthor.lncc.br.
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DOI：
10.1038/nrmicro.2016.81
发表时间：
2016-08
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
--
作者：
de Wit E;van Doremalen N;Falzarano D;Munster VJ
通讯作者：
Munster VJ
影响因子：
13.2
作者：
Chan, Jasper Fuk-Woo;Kok, Kin-Hang;Yuen, Kwok-Yung
通讯作者：
Yuen, Kwok-Yung
DOI：
10.1080/07391102.2020.1772885
发表时间：
2020-06-01
影响因子：
4.4
作者：
de Oliveira, Osmair Vital;Rocha, Gerd B.;Costa, Luciano T.
通讯作者：
Costa, Luciano T.
影响因子：
7.6
作者：
Báez-Santos YM;St John SE;Mesecar AD
通讯作者：
Mesecar AD
影响因子：
56.9
作者：
Dai, Wenhao;Zhang, Bing;Liu, Hong
通讯作者：
Liu, Hong