CLIP: viewing the RNA world from an RNA-protein interactome perspective
CLIP: viewing the RNA world from an RNA-protein interactome perspective
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CLIP：从RNA-蛋白质相互作用组的角度观察RNA世界
DOI：
10.1007/s11427-014-4764-5
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发表时间：
2015-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Qu, LiangHu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang, Yin;Xie, ShuJuan;Xu, Hui;Qu, LiangHu
基因组的普遍转录产生许多类型的非编码RNA（ncRNA）。然而，我们对这些ncRNA的功能和调控机制知之甚少。探索RNA和RNA结合蛋白（RBP）的相互作用至关重要，因为它可以让我们真正了解这些ncRNA如何在体内存活。通过交联免疫沉淀（HITS-CLIP或CLIP-seq）分离的RNA的高通量测序及其变体已成功地用作研究RBP结合位点的系统性技术。在这篇综述中，我们将解释CLIP技术之间的主要差异，总结这些技术的成功应用，讨论CLIP的局限性，提出一些建议的解决方案，并预测其在研究RNA世界中有前途的未来作用。
The pervasive transcription of the genome creates many types of non-coding RNAs (ncRNAs). However, we know very little regarding the functions and the regulatory mechanisms of these ncRNAs. Exploring the interactions of RNA and RNA binding proteins (RBPs) is vital because it can allow us to truly understand how these ncRNAs behavein vivo. High-throughput sequencing of RNA isolated by cross-linking immunoprecipitation (HITS-CLIP or CLIP-seq) and its variants have been successfully used as systemic techniques to study RBP binding sites. In this review, we will explain the major differences between the CLIP techniques, summarize successful applications of these techniques, discuss limitations of CLIP, present some suggested solutions and project their promising future roles in studying the RNA world.
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