Proteome Discoverer-A Community Enhanced Data Processing Suite for Protein Informatics.
Proteome Discoverer-A Community Enhanced Data Processing Suite for Protein Informatics.
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DOI：
10.3390/proteomes9010015
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发表时间：
2021-03-23
期刊：
影响因子：
3.3
通讯作者：
Orsburn BC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Orsburn BC
蛋白质组学研究人员今天面临着一个有趣的挑战：如何在数十种数据处理和分析管道中进行选择，以将串联质谱文件转换为蛋白质鉴定。由于近年来Orbitrap技术在蛋白质组学中的主导地位，许多研究人员默认使用供应商软件Proteome Discoverer。自该软件首次发布以来的14年中，它与蛋白质组学研究人员面临的日益复杂的需求同步发展。今天，Proteome Discoverer以两种不同的形式存在，强大的商业版本和功能齐全的免费版本在许多实验室中使用。在迄今为止发布的11个主要版本中，该软件的中心主题始终是能够轻松查看和验证进行鉴定的光谱。即使在今天，这种能力也是区别于其他数据分析解决方案的关键因素。在这篇评论中，我将试图总结蛋白质组发现者从第一次推出到今天使用的版本的历史和演变。
Proteomics researchers today face an interesting challenge: how to choose among the dozens of data processing and analysis pipelines available for converting tandem mass spectrometry files to protein identifications. Due to the dominance of Orbitrap technology in proteomics in recent history, many researchers have defaulted to the vendor software Proteome Discoverer. Over the fourteen years since the initial release of the software, it has evolved in parallel with the increasingly complex demands faced by proteomics researchers. Today, Proteome Discoverer exists in two distinct forms with both powerful commercial versions and fully functional free versions in use in many labs today. Throughout the 11 main versions released to date, a central theme of the software has always been the ability to easily view and verify the spectra from which identifications are made. This ability is, even today, a key differentiator from other data analysis solutions. In this review I will attempt to summarize the history and evolution of Proteome Discoverer from its first launch to the versions in use today.
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