Ontological labels for automated location of anatomical shape differences.
Ontological labels for automated location of anatomical shape differences.
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DOI：
10.1016/j.jbi.2012.02.013
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发表时间：
2012-06
影响因子：
4.5
通讯作者：
Ratnanather, J. Tilak
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Steinert-Threlkeld, Shane;Ardekani, Siamak;Mejino, Jose L. V.;Detwiler, Landon Todd;Brinkley, James F.;Halle, Michael;Kikinis, Ron;Winslow, Raimond L.;Miller, Michael I.;Ratnanather, J. Tilak
描述了一种通过用来自正式本体的标签注释的高分辨率生物医学地图集来自动定位患病解剖结构中的形状差异的方法。特别地，对人类左心室的心肌的高分辨率磁共振图像进行分割，并使用来自解剖学本体的基础模型的提取子集的结构术语进行注释。该图谱与先前心肌病左心室重构研究的收缩末期模板进行了配准，配准算法为同构配准算法。先前的研究使用阈值和视觉检查来定位具有统计学意义的区域，该区域将缺血性心肌病患者与非缺血性心肌病患者区分开来。使用语义技术和变形的注释图谱，这个位置被更精确地发现。虽然这项研究只使用了心脏图谱，但它提供了一个概念验证，即任何解剖结构的本体标记的生物医学图谱都可以用于自动化基于位置的推断。
A method for automated location of shape differences in diseased anatomical structures via high resolution biomedical atlases annotated with labels from formal ontologies is described. In particular, a high resolution magnetic resonance image of the myocardium of the human left ventricle was segmented and annotated with structural terms from an extracted subset of the Foundational Model of Anatomy ontology. The atlas was registered to the end systole template of a previous study of left ventricular remodeling in cardiomyopathy using a diffeomorphic registration algorithm. The previous study used thresholding and visual inspection to locate a region of statistical significance which distinguished patients with ischemic cardiomyopathy from those with nonischemic cardiomyopathy. Using semantic technologies and the deformed annotated atlas, this location was more precisely found. Although this study used only a cardiac atlas, it provides a proof-of-concept that ontologically labeled biomedical atlases of any anatomical structure can be used to automate location-based inferences.
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DOI：
10.1023/b:visi.0000043755.93987.aa
发表时间：
2005-02-01
影响因子：
19.5
作者：
Beg, MF;Miller, MI;Younes, L
通讯作者：
Younes, L
影响因子：
37.8
作者：
Cerqueira, MD;Weissman, NJ;Verani, MS
通讯作者：
Verani, MS
影响因子：
10.6
作者：
Christensen, GE;Joshi, SC;Miller, MI
通讯作者：
Miller, MI
影响因子：
14.9
作者：
Noy NF;Shah NH;Whetzel PL;Dai B;Dorf M;Griffith N;Jonquet C;Rubin DL;Storey MA;Chute CG;Musen MA
通讯作者：
Musen MA
影响因子：
5.7
作者：
Ashburner J;Friston KJ
通讯作者：
Friston KJ