A Chromosome-Scale Hybrid Genome Assembly of the Extinct Tasmanian Tiger (Thylacinus cynocephalus).
A Chromosome-Scale Hybrid Genome Assembly of the Extinct Tasmanian Tiger (Thylacinus cynocephalus).
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DOI：
10.1093/gbe/evac048
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发表时间：
2022-04-10
影响因子：
3.3
通讯作者：
Pask, Andrew
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Feigin, Charles;Frankenberg, Stephen;Pask, Andrew
已灭绝的塔斯马尼亚虎或袋狼(Thylacinus Cynocephalus)是一种原产于澳大利亚的大型有袋食肉动物。该物种曾经横跨大陆的部分地区，但在欧洲殖民时只留在塔斯马尼亚岛上。它在20世纪初濒临灭绝，是澳大利亚本土物种丧失的象征。袋狼是胎盘犬类趋同进化的一个显著例子，它与胎盘犬类有着相似的头骨形态。因此，它一直是广泛研究的主题。虽然2018年发表的原始袋狼组件实现了对该物种基因组生物学的首次探索，但由于缺乏高质量的基因组资源，进一步的进展受到阻碍。在这里，我们提出了一种新的染色体规模的袋鼠杂交基因组组合，它与许多最近新出现的有袋类基因组相比是有利的。此外，我们提供了基于同源性的基因注释，描述了袋狼基因组的重复内容，并表明与人口统计的下降一致，该物种具有较低的杂合率，即使与现存的受威胁的有袋类相比也是如此。
The extinct Tasmanian tiger or thylacine (Thylacinus cynocephalus) was a large marsupial carnivore native to Australia. Once ranging across parts of the mainland, the species remained only on the island of Tasmania by the time of European colonization. It was driven to extinction in the early 20th century and is an emblem of native species loss in Australia. The thylacine was a striking example of convergent evolution with placental canids, with which it shared a similar skull morphology. Consequently, it has been the subject of extensive study. While the original thylacine assemblies published in 2018 enabled the first exploration of the species’ genome biology, further progress is hindered by the lack of high-quality genomic resources. Here, we present a new chromosome-scale hybrid genome assembly for the thylacine, which compares favorably with many recent de novo marsupial genomes. In addition, we provide homology-based gene annotations, characterize the repeat content of the thylacine genome, and show that consistent with demographic decline, the species possessed a low rate of heterozygosity even compared to extant, threatened marsupials.
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