A Scalable Epitope Tagging Approach for High Throughput ChIP-Seq Analysis.
A Scalable Epitope Tagging Approach for High Throughput ChIP-Seq Analysis.
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DOI：
10.1021/acssynbio.6b00358
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发表时间：
2017-06-16
影响因子：
4.7
通讯作者：
Zhao H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xiong X;Zhang Y;Yan J;Jain S;Chee S;Ren B;Zhao H
真核转录因子（TF）通常单独或与其他蛋白质一起识别短基因组序列以调节基因表达。基因组中TF-DNA相互作用的定位对于理解细胞中的基因调控程序至关重要。虽然染色质免疫沉淀随后测序（ChIP-Seq）通常用于此目的，但其应用受到TF的合适抗体的可用性的严重限制。为了克服这一限制，我们开发了一种名为cmChIP-Seq的有效且可扩展的策略，该策略将成簇的规则间隔短回文重复序列（CRISPR）技术与微同源介导的末端连接（MMEJ）相结合，以遗传工程改造具有表位标签的TF。我们通过将其应用于人类结直肠癌细胞系中的四个TF来证明该工具的实用性。高度可扩展的程序使该策略成为不同物种和细胞类型中TF的ChIP-Seq分析的理想选择。
Eukaryotic transcriptional factors (TFs) typically recognize short genomic sequences alone or together with other proteins to modulate gene expression. Mapping of TF-DNA interactions in the genome is crucial for understanding the gene regulatory programs in cells. While chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-Seq) is commonly used for this purpose, its application is severely limited by the availability of suitable antibodies for TFs. To overcome this limitation, we developed an efficient and scalable strategy named cmChIP-Seq that combines the clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) technology with microhomology mediated end joining (MMEJ) to genetically engineer a TF with an epitope tag. We demonstrated the utility of this tool by applying it to four TFs in a human colorectal cancer cell line. The highly scalable procedure makes this strategy ideal for ChIP-Seq analysis of TFs in diverse species and cell types.
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DOI：
10.1016/j.tig.2008.08.007
发表时间：
2008-11
期刊：
Trends in genetics : TIG
影响因子：
--
作者：
McVey M;Lee SE
通讯作者：
Lee SE
影响因子：
4.6
作者：
Sakuma T;Nishikawa A;Kume S;Chayama K;Yamamoto T
通讯作者：
Yamamoto T
影响因子：
14.9
作者：
Crespan, Emmanuele;Czabany, Tibor;Huebscher, Ulrich
通讯作者：
Huebscher, Ulrich
影响因子：
3.7
作者：
Kuan CS;See Too WC;Few LL
通讯作者：
Few LL
影响因子：
16.8
作者：
Kent, Tatiana;Chandramouly, Gurushankar;McDevitt, Shane Michael;Ozdemir, Ahmet Y.;Pomerantz, Richard T.
通讯作者：
Pomerantz, Richard T.