Constraining the metabolic genotype-phenotype relationship using a phylogeny of in silico methods.
Constraining the metabolic genotype-phenotype relationship using a phylogeny of in silico methods.
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DOI：
10.1038/nrmicro2737
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发表时间：
2012-02-27
期刊：
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通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
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作者：
重构的微生物代谢网络通过部署基于约束的重构和分析（COBRA）中的方法促进基因型-表型关系的机械描述。由于重建的网络利用基因组数据进行洞察和表型预测，COBRA方法的发展随着全基因组测序的出现而加速。在这里，我们描述了COBRA方法的发展史，它已经从早期的方法，如通量平衡分析和基本通量模式分析，迅速发展成为100多种方法的集合。这些方法使得微生物代谢的基因组规模分析能够用于许多基础和应用用途，包括抗生素发现、代谢工程和微生物群落行为的建模。
Reconstructed microbial metabolic networks facilitate a mechanistic description of the genotype-phenotype relationship through the deployment of methods in constraint-based reconstruction and analysis (COBRA). Since reconstructed networks leverage genomic data for insight and phenotype prediction, the development of COBRA methods has accelerated, following the advent of whole-genome sequencing. Here, we describe a phylogeny of COBRA methods that has rapidly evolved from early methods, such as flux balance analysis and elementary flux mode analysis, into a repertoire of more than 100 methods. These methods have enabled genome-scale analysis of microbial metabolism for numerous basic and applied uses, including antibiotic discovery, metabolic engineering, and modeling of microbial community behavior.
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影响因子：
3
作者：
Braunstein, Alfredo;Mulet, Roberto;Pagnani, Andrea
通讯作者：
Pagnani, Andrea
影响因子：
--
作者：
Barrett CL;Herrgard MJ;Palsson B
通讯作者：
Palsson B
影响因子：
3.4
作者：
Beard, DA;Liang, SC;Qian, H
通讯作者：
Qian, H
影响因子：
4.3
作者：
Bordel, Sergio;Agren, Rasmus;Nielsen, Jens
通讯作者：
Nielsen, Jens
DOI：
10.1073/pnas.0907176107
发表时间：
2010-05-11
影响因子：
11.1
作者：
Bar-Even, Arren;Noor, Elad;Milo, Ron
通讯作者：
Milo, Ron