From ontology to semantic similarity: calculation of ontology-based semantic similarity.
From ontology to semantic similarity: calculation of ontology-based semantic similarity.
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从本体到语义相似度：基于本体的语义相似度计算
DOI：
10.1155/2013/793091
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发表时间：
2013
影响因子：
--
通讯作者：
Jiang R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gan M;Dou X;Jiang R
在过去的十年中，高通量实验技术的进步使得组学数据的爆炸性增长成为可能，而这些数据的有效组织、解释和交换需要生物和生物医学研究领域的标准和受控词汇。本体作为特定领域知识组合的抽象描述系统，在计算生物学和生物信息学领域受到越来越多的关注。特别是，许多依赖领域本体的应用需要对本体中的术语之间的关系进行量化度量，这使得开发计算方法来推导基于本体的术语之间的语义相似度是必不可少的。然而，随着各种方法的可用，如何为特定的应用选择一种合适的方法成为一个问题。有了这样的理解，我们回顾了现有的大多数依赖本体来计算术语之间语义相似度的方法。我们将现有的方法分为五类：基于语义距离的方法、基于信息内容的方法、基于术语属性的方法、基于本体层次的方法和混合方法。我们总结了每一类方法的特点，重点介绍了这些方法的基本概念和优缺点。此外，我们将审查扩展到实现这些方法的软件工具和使用这些方法的应用程序。
Advances in high-throughput experimental techniques in the past decade have enabled the explosive increase of omics data, while effective organization, interpretation, and exchange of these data require standard and controlled vocabularies in the domain of biological and biomedical studies. Ontologies, as abstract description systems for domain-specific knowledge composition, hence receive more and more attention in computational biology and bioinformatics. Particularly, many applications relying on domain ontologies require quantitative measures of relationships between terms in the ontologies, making it indispensable to develop computational methods for the derivation of ontology-based semantic similarity between terms. Nevertheless, with a variety of methods available, how to choose a suitable method for a specific application becomes a problem. With this understanding, we review a majority of existing methods that rely on ontologies to calculate semantic similarity between terms. We classify existing methods into five categories: methods based on semantic distance, methods based on information content, methods based on properties of terms, methods based on ontology hierarchy, and hybrid methods. We summarize characteristics of each category, with emphasis on basic notions, advantages and disadvantages of these methods. Further, we extend our review to software tools implementing these methods and applications using these methods.
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影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
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通讯作者：
McKusick, Victor A.
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发表时间：
2001-04-10
影响因子：
11.1
作者：
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通讯作者：
Sakaki, Y