Gateways to the FANTOM5 promoter level mammalian expression atlas.
Gateways to the FANTOM5 promoter level mammalian expression atlas.
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通往Fantom5启动子级哺乳动物表达地图集的网关。
DOI：
10.1186/s13059-014-0560-6
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发表时间：
2015-01-05
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
FANTOM consortium
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lizio M;Harshbarger J;Shimoji H;Severin J;Kasukawa T;Sahin S;Abugessaisa I;Fukuda S;Hori F;Ishikawa-Kato S;Mungall CJ;Arner E;Baillie JK;Bertin N;Bono H;de Hoon M;Diehl AD;Dimont E;Freeman TC;Fujieda K;Hide W;Kaliyaperumal R;Katayama T;Lassmann T;Meehan TF;Nishikata K;Ono H;Rehli M;Sandelin A;Schultes EA;'t Hoen PA;Tatum Z;Thompson M;Toyoda T;Wright DW;Daub CO;Itoh M;Carninci P;Hayashizaki Y;Forrest AR;Kawaji H;FANTOM consortium
FANTOM 5项目使用CAGE研究了1,000多种人类和小鼠原代细胞、细胞系和组织中的转录起始活性。通过对样本信息的人工管理和样本分类本体的开发，我们将得到的数据汇集到集中的数据资源（http：//fantom.gsc.riken.jp/5/）中。该资源包含基于网络的工具和数据访问点，供研究界搜索和提取与FANTOM 5图谱中的样本、基因、启动子活性、转录因子和增强子相关的数据。本文的在线版本（doi：10.1186/s13059-014-0560-6）包含补充材料，可供授权用户使用。
The FANTOM5 project investigates transcription initiation activities in more than 1,000 human and mouse primary cells, cell lines and tissues using CAGE. Based on manual curation of sample information and development of an ontology for sample classification, we assemble the resulting data into a centralized data resource (http://fantom.gsc.riken.jp/5/). This resource contains web-based tools and data-access points for the research community to search and extract data related to samples, genes, promoter activities, transcription factors and enhancers across the FANTOM5 atlas. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-014-0560-6) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
14.9
作者：
NCBI Resource Coordinators
通讯作者：
NCBI Resource Coordinators
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
56.9
作者：
Carninci, P;Kasukawa, T;Hayashizaki, Y
通讯作者：
Hayashizaki, Y
影响因子：
14.9
作者：
Flicek P;Ahmed I;Amode MR;Barrell D;Beal K;Brent S;Carvalho-Silva D;Clapham P;Coates G;Fairley S;Fitzgerald S;Gil L;García-Girón C;Gordon L;Hourlier T;Hunt S;Juettemann T;Kähäri AK;Keenan S;Komorowska M;Kulesha E;Longden I;Maurel T;McLaren WM;Muffato M;Nag R;Overduin B;Pignatelli M;Pritchard B;Pritchard E;Riat HS;Ritchie GR;Ruffier M;Schuster M;Sheppard D;Sobral D;Taylor K;Thormann A;Trevanion S;White S;Wilder SP;Aken BL;Birney E;Cunningham F;Dunham I;Harrow J;Herrero J;Hubbard TJ;Johnson N;Kinsella R;Parker A;Spudich G;Yates A;Zadissa A;Searle SM
通讯作者：
Searle SM
影响因子：
2
作者：
Ikeo, K;Ishi-i, J;Tateno, Y
通讯作者：
Tateno, Y