DOCKING OF RALTEGRAVIR TO HIV-1 INTEGRASE STRUCTURE ENSEMBLE
DOCKING OF RALTEGRAVIR TO HIV-1 INTEGRASE STRUCTURE ENSEMBLE
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拉特拉韦与 HIV-1 整合酶结构整体的对接
DOI：
10.1142/s0219633610006201
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发表时间：
2010-12
影响因子：
2.4
通讯作者：
梅晔
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
梅晔
药物雷特格韦与HIV-1整合酶（IN）的对接是基于已建立的松弛络合物方案（RCS）方法进行的，该方法考虑了受体和配体在分子对接中的灵活性。鉴定了雷特格韦的两种代表性蝴蝶样结构，它们都模拟了具有相似配体-受体相互作用的5CITEP的结合模式。此外，雷特格韦通过中间水分子与镁相互作用的结果表明，在IN抑制剂的对接研究中，水分子在结合位点的重要性一直被忽视。考虑到这些水分子，可以更深入地了解第二代IN抑制剂的设计和开发。
Docking of the drug raltegravir to HIV-1 integrase (IN) was performed based on the established Relaxed Complex Scheme (RCS) method which accounts for the flexibility of both receptor and ligand in molecular docking. Two representative butterfly-like structures of raltegravir were identified and both of them mimicked the binding mode of 5CITEP with similar ligand-receptor interactions. Furthermore, the results that raltegravir interacted with magnesium by intermediate water molecules indicate the importance of water molecules at the binding site which has always been ignored in the docking studies of IN inhibitors. Taking these water molecules into consideration gives more insight into the design and development of the second generation IN inhibitors.
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DOI：
10.1073/pnas.96.23.13040
发表时间：
1999-11-09
影响因子：
11.1
作者：
Goldgur, Y;Craigie, R;Davies, DR
通讯作者：
Davies, DR
影响因子：
5.6
作者：
Cui, Qizhi;Sulea, Traian;O. Purisima, Enrico
通讯作者：
O. Purisima, Enrico
影响因子：
7.3
作者：
Dayam, R;Sanchez, T;Neamati, N
通讯作者：
Neamati, N
影响因子：
2.9
作者：
Loizidou, Eriketi Z.;Kousiappa, Ioanna;Kostrikis, Leondios G.
通讯作者：
Kostrikis, Leondios G.
影响因子：
3
作者：
G. Morris;D. Goodsell;R. S. Halliday;R. Huey;W. Hart;R. Belew;A. Olson
通讯作者：
G. Morris;D. Goodsell;R. S. Halliday;R. Huey;W. Hart;R. Belew;A. Olson