Base-Resolution Analysis of Cisplatin-DNA Adducts at the Genome Scale.
Base-Resolution Analysis of Cisplatin-DNA Adducts at the Genome Scale.
复制标题
基因组规模顺铂-DNA 加合物的碱基分辨率分析
DOI：
10.1002/anie.201607380
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发表时间：
2016-11-07
影响因子：
16.6
通讯作者：
Yi, Chengqi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shu, Xiaoting;Xiong, Xushen;Song, Jinghui;He, Chuan;Yi, Chengqi
顺铂是最广泛使用的抗癌药物之一，它使DNA交联并最终诱导细胞死亡。然而，由于缺乏可靠和敏感的全基因组方法，顺铂-DNA加合物的基因组模式仍然未知。在此，我们提出了“cisplatin-seq”，以确定碱基分辨率的全基因组顺铂交联位点。顺铂-seq揭示线粒体DNA是顺铂的优选靶点。对于核基因组，顺铂-DNA加合物在启动子和含有转录终止位点的区域内富集。虽然GG二核苷酸的密度决定了顺铂的初始交联，但蛋白质与基因组的结合在很大程度上有助于顺铂-DNA加合物的累积模式。
Cisplatin, one of the most widely used anticancer drugs, crosslinks DNA and ultimately induces cell death. However, the genomic pattern of cisplatin–DNA adducts has remained unknown owing to the lack of a reliable and sensitive genome-wide method. Herein we present “cisplatin-seq” to identify genome-wide cisplatin crosslinking sites at base resolution. Cisplatin-seq reveals that mitochondrial DNA is a preferred target of cisplatin. For nuclear genomes, cisplatin–DNA adducts are enriched within promoters and regions harboring transcription termination sites. While the density of GG dinucleotides determines the initial crosslinking of cisplatin, binding of proteins to the genome largely contributes to the accumulative pattern of cisplatin–DNA adducts.
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