Comparative proteomic profiling identifies potential prognostic factors for human clear cell renal cell carcinoma.
Comparative proteomic profiling identifies potential prognostic factors for human clear cell renal cell carcinoma.
复制标题
比较蛋白质组学分析确定人类透明细胞肾细胞癌的潜在预后因素
DOI：
10.3892/or.2016.5159
复制
发表时间：
2016-12
期刊：
影响因子：
4.2
通讯作者：
Wan L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sun X;Zhang H;Luo L;Zhong K;Ma Y;Fan L;Fu D;Wan L
用于疾病诊断、预后或预测目的的标志物的鉴定将在改善患者管理方面具有很大的作用。基于蛋白质组学的生物标志物发现方法是用于癌症研究的有前途的策略。在这项研究中，我们进行了定量蛋白质组学分析，包括透明细胞肾细胞癌（ccRCC）和配对的相邻非癌肾组织使用无标记定量蛋白质组学和液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS），以确定差异表达的蛋白质。在3，061个鉴定的非冗余蛋白中，我们发现与正常肾组织相比，210个蛋白在ccRCC组织中差异表达（83个过表达和127个低表达）。选择两种最显著失调的蛋白质（PCK 1和SNRPF）通过蛋白质印迹法进行确认。对210个差异表达蛋白的通路分析表明，这些蛋白与氧化磷酸化、糖酵解、氨基酸合成等多种肿瘤相关的生物学过程有关。在线生存分析表明这些失调蛋白的预后价值。总之，我们确定了一些潜在的诊断ccRCC的生物标志物，深入了解它们所涉及的生物学途径可能有助于为发现ccRCC的新治疗策略铺平道路。
The identification of markers for disease diagnostic, prognostic, or predictive purposes will have a great effect in improving patient management. Proteomic-based approaches for biomarker discovery are promising strategies used in cancer research. In this study, we performed quantitative proteomic analysis on four patients including clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) and paired adjacent non-cancerous renal tissues using label-free quantitative proteomics and liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) to identify differentially expressed proteins. Among 3,061 identified non-redundant proteins, we found that 210 proteins were differentially expressed (83 overexpressed and 127 underexpressed) in ccRCC tissue when compared with normal kidney tissues. Two most significantly dysregulated proteins (PCK1 and SNRPF) were chosen to be confirmed by western blotting. Pathway analysis of 210 differentially expressed proteins showed that dysregulated proteins are related to many cancer-related biological processes such as oxidative phosphorylation, glycolysis and amino acid synthetic pathways. Online survival analysis indicated the prognostic value of these dysregulated proteins. In conclusion, we identified some potential diagnostic biomarkers for ccRCC and an in-depth understanding of their involved biological pathways may help pave the way to discover new therapeutic strategies for ccRCC.
登录
查看更多内容
影响因子：
3.4
作者：
Boersema, Paul J.;Aye, Thin Thin;Mohammed, Shabaz
通讯作者：
Mohammed, Shabaz
影响因子：
4.5
作者：
Feldstein, Murray S.;Rhodes, Deborah J.;Castle, Erik P.
通讯作者：
Castle, Erik P.
影响因子：
--
作者：
Raimondo, Francesca;Corbetta, Samuele;Pitto, Marina
通讯作者：
Pitto, Marina
影响因子：
--
作者：
White NM;Masui O;Desouza LV;Krakovska O;Metias S;Romaschin AD;Honey RJ;Stewart R;Pace K;Lee J;Jewett MA;Bjarnason GA;Siu KW;Yousef GM
通讯作者：
Yousef GM
切除的肾癌组织中的定量蛋白质组学用于生物标志物发现和分析。
影响因子：
8.8
作者：
Atrih, A.;Mudaliar, M. A. V.;Zakikhani, P.;Lamont, D. J.;Huang, J. T-J;Bray, S. E.;Barton, G.;Fleming, S.;Nabi, G.
通讯作者：
Nabi, G.