A global transcriptional network connecting noncoding mutations to changes in tumor gene expression.
A global transcriptional network connecting noncoding mutations to changes in tumor gene expression.
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DOI：
10.1038/s41588-018-0091-2
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发表时间：
2018-04
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Ideker T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang W;Bojorquez-Gomez A;Velez DO;Xu G;Sanchez KS;Shen JP;Chen K;Licon K;Melton C;Olson KM;Yu MK;Huang JK;Carter H;Farley EK;Snyder M;Fraley SI;Kreisberg JF;Ideker T
虽然癌症基因组充满了非编码突变，但这些突变的影响仍然很难表征。在这里，我们进行了930肿瘤全基因组和匹配的转录组的综合分析，确定了193个非编码基因座的突变破坏靶基因表达的网络。这些“体细胞eQTL”（表达定量性状基因座）经常在特定的癌症组织中突变，并且大多数可以在3，382个肿瘤的独立队列中验证。其中，我们发现非编码突变对DAAM1，MTG2和HYI转录的影响在多种癌细胞系中重现，并且DAAM1表达增加导致侵袭性细胞迁移。这些非编码基因座集中在一组核心通路上，从而可以将肿瘤分为基于通路的亚型。体细胞eQTL网络在88%的肿瘤中被破坏，表明非编码突变在癌症中的广泛影响。
Although cancer genomes are replete with noncoding mutations, the effects of these mutations remain poorly characterized. Here we perform an integrative analysis of 930 tumor whole genomes and matched transcriptomes, identifying a network of 193 noncoding loci in which mutations disrupt target gene expression. These “somatic eQTLs” (expression Quantitative Trait Loci) are frequently mutated in specific cancer tissues, and the majority can be validated in an independent cohort of 3,382 tumors. Among these, we find that the effects of noncoding mutations on DAAM1, MTG2 and HYI transcription are recapitulated in multiple cancer cell lines, and that increasing DAAM1 expression leads to invasive cell migration. Collectively the noncoding loci converge on a set of core pathways, permitting a classification of tumors into pathway-based subtypes. The somatic eQTL network is disrupted in 88% of tumors, suggesting widespread impact of noncoding mutations in cancer.
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DOI：
10.1038/nrc1299
发表时间：
2004-03
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
64.5
作者：
Cancer Genome Atlas Research Network
通讯作者：
Cancer Genome Atlas Research Network
影响因子：
46.9
作者：
Ernst J;Kellis M
通讯作者：
Kellis M
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
2.1
作者：
Hirano, Yasuhiro;Ohniwa, Ryosuke L.;Takeyasu, Kunio
通讯作者：
Takeyasu, Kunio