Peptide conformational preferences in osmolyte solutions: transfer free energies of decaalanine.
Peptide conformational preferences in osmolyte solutions: transfer free energies of decaalanine.
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DOI：
10.1021/ja1078128
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发表时间：
2011-02-16
影响因子：
15
通讯作者：
Pettitt BM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kokubo H;Hu CY;Pettitt BM
利用十丙氨酸肽模型，研究了保护渗透物三甲胺- n -氧化物（TMAO）和变性渗透物尿素对蛋白质稳定性的影响。利用标准分子动力学模拟和溶剂化自由能计算，研究了生理相关浓度为2:1（尿素：氧化三甲胺）的渗透溶液和混合渗透溶液的二元溶液。组分分析揭示了范德华（vdW）和静电相互作用对渗透物保护和变性的重要性的差异。我们发现尿素变性受传递自由能差的支配，主要受vdW吸引，而TMAO通过在二元溶液和混合渗透溶液中引起不利的静电相互作用来发挥作用。分析结果表明，在三元溶液中，没有证据表明肽和渗透物之间的相关性被破坏，也没有证据表明水氢键网络的强度发生了显著变化。
The nature in which the protecting osmolyte trimethylamine-N-oxide (TMAO) and the denaturing osmolyte urea affect protein stability is investigated simulating a deca-alanine peptide model in multiple conformations of the denatured ensemble. Binary solutions of both osmolytes and mixed osmolyte solutions at physiologically-relevant concentrations of 2:1 (urea:TMAO) are studied using standard molecular dynamics simulations and solvation free energy calculations. Component analysis reveals the differences in the importance of the van der Waals (vdW) and electrostatic interactions for protecting and denaturing osmolytes. We find that urea denaturation governed by transfer free energy differences is dominated by vdW attractions, whereas TMAO exerts its effect by causing unfavorable electrostatic interactions both in the binary solution and mixed osmolyte solution. Analysis of the results showed no evidence in the ternary solution of disruption of the correlations among the peptide and osmolytes, nor of significant changes in the strength of the water hydrogen bond network.
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影响因子：
2.8
作者：
BEUTLER, TC;MARK, AE;VANGUNSTEREN, WF
通讯作者：
VANGUNSTEREN, WF
DOI：
10.1073/pnas.0812588106
发表时间：
2009-02-24
影响因子：
11.1
作者：
Lim, Woon Ki;Rosgen, Jorg;Englander, S. Walter
通讯作者：
Englander, S. Walter
影响因子：
4.4
作者：
Fukunishi, H;Watanabe, O;Takada, S
通讯作者：
Takada, S
影响因子：
8
作者：
Hu, Char Y.;Kokubo, Hironori;Pettitt, B. Montgomery
通讯作者：
Pettitt, B. Montgomery
影响因子：
3.3
作者：
Das, Atanu;Mukhopadhyay, Chaitali
通讯作者：
Mukhopadhyay, Chaitali