ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data
ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp343
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发表时间：
2009-08-15
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Stoye, Jens
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Hoffmann, Nils;Stoye, Jens
我们描述了ChromA，一个基于网络的比对工具，用于代谢组学和蛋白质组学领域的色谱-质谱数据。用户可以提供开放和标准化的文件格式的数据，使用具有不同可配置的本地距离和相似性函数的动态时间扭曲进行保留时间对齐。此外，用户定义的锚点可用于约束和加速对齐。可以添加每个锚周围的邻域，以增加受约束对齐的灵活性。ChromA提供了不同的对齐可视化，以便更容易地对数据进行定性解释和比较。对于两个以上数据文件的多重对齐，应用中心星近似来选择要对齐的输入文件中的参照。
We describe ChromA, a web-based alignment tool for chromatography-mass spectrometry data from the metabolomics and proteomics domains. Users can supply their data in open and standardized file formats for retention time alignment using dynamic time warping with different configurable local distance and similarity functions. Additionally, user-defined anchors can be used to constrain and speedup the alignment. A neighborhood around each anchor can be added to increase the flexibility of the constrained alignment. ChromA offers different visualizations of the alignment for easier qualitative interpretation and comparison of the data. For the multiple alignment of more than two data files, the center-star approximation is applied to select a reference among input files to align to.