A genome-wide atlas of co-essential modules assigns function to uncharacterized genes.
A genome-wide atlas of co-essential modules assigns function to uncharacterized genes.
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DOI：
10.1038/s41588-021-00840-z
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发表时间：
2021-05
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Kundaje A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wainberg M;Kamber RA;Balsubramani A;Meyers RM;Sinnott-Armstrong N;Hornburg D;Jiang L;Chan J;Jian R;Gu M;Shcherbina A;Dubreuil MM;Spees K;Meuleman W;Snyder MP;Bassik MC;Kundaje A
后基因组时代的一个中心问题是基因如何相互作用形成生物学途径。对数百种细胞系的基因依赖性的测量已被用于将基因聚类为“共同必需”途径，但这种方法受到普遍存在的假阳性的限制。在本研究中，我们开发了一种统计方法，使强大的基因co-essentiality识别，并产生一个全基因组的功能模块。该图谱概括了不同的途径和蛋白质复合物，并预测了108个未知基因的功能。验证顶部的预测，我们表明，TMEM 189编码plasmanylethanolamine去饱和酶，一个关键酶的缩醛合成。我们还表明，C15 orf 57编码的蛋白质，结合AP 2复合物，定位于网格蛋白包被的坑，使有效的转铁蛋白摄取。最后，我们为社区提供了一个交互式的网络工具来探索我们的结果，这将共同必要性分析作为生物途径识别和发现新基因功能的强大资源。
A central question in the post-genomic era is how genes interact to form biological pathways. Measurements of gene dependency across hundreds of cell lines have been used to cluster genes into ‘co-essential’ pathways, but this approach has been limited by ubiquitous false positives. In the present study, we develop a statistical method that enables robust identification of gene co-essentiality and yields a genome-wide set of functional modules. This atlas recapitulates diverse pathways and protein complexes, and predicts the functions of 108 uncharacterized genes. Validating top predictions, we show that TMEM189 encodes plasmanylethanolamine desaturase, a key enzyme for plasmalogen synthesis. We also show that C15orf57 encodes a protein that binds the AP2 complex, localizes to clathrin-coated pits and enables efficient transferrin uptake. Finally, we provide an interactive webtool for the community to explore our results, which establish co-essentiality profiling as a powerful resource for biological pathway identification and discovery of new gene functions.
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影响因子：
46.9
作者：
Doench JG;Fusi N;Sullender M;Hegde M;Vaimberg EW;Donovan KF;Smith I;Tothova Z;Wilen C;Orchard R;Virgin HW;Listgarten J;Root DE
通讯作者：
Root DE
影响因子：
9.9
作者：
Drew K;Lee C;Huizar RL;Tu F;Borgeson B;McWhite CD;Ma Y;Wallingford JB;Marcotte EM
通讯作者：
Marcotte EM
影响因子：
56.9
作者：
Blomen, Vincent A.;Majek, Peter;Brummelkamp, Thijn R.
通讯作者：
Brummelkamp, Thijn R.
影响因子：
7.2
作者：
Gao, Jinpeng;Ajjawi, Imad;Benning, Christoph
通讯作者：
Benning, Christoph
DOI：
10.1016/j.bbrc.2008.10.003
发表时间：
2008-12-05
影响因子：
3.1
作者：
Furukawa, Toru;Tanji, Etsuko;Horii, Akira
通讯作者：
Horii, Akira