Principles of flexible protein-protein docking.
Principles of flexible protein-protein docking.
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DOI：
10.1002/prot.22170
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发表时间：
2008-11-01
影响因子：
2.9
通讯作者：
Wolfson, Haim J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Andrusier, Nelly;Mashiach, Efrat;Nussinov, Ruth;Wolfson, Haim J.
关键词：
在分子对接中治疗灵活性是细胞生物学研究的主要挑战。在这里，我们描述了现有的柔性蛋白质蛋白对接方法的背景和原理，重点是算法及其理性。我们描述了如何在对接过程的不同阶段处理蛋白质柔韧性：在预处理阶段，刚性和柔性部位被鉴定出来，并建模其可能的构象。此预处理为后续的对接和改进阶段提供信息。在对接阶段，可以单独停靠的预先生成的构象或确定的刚性域的合奏。在改进阶段，对主链和侧链的小规模运动进行了建模，并通过刚体调节改善了结合方向。为了清楚表达式，我们将不同的方法分为类别。这应该使读者可以专注于最合适的对接问题的方法。
Treating flexibility in molecular docking is a major challenge in cell biology research. Here we describe the background and the principles of existing flexible protein-protein docking methods, focusing on the algorithms and their rational. We describe how protein flexibility is treated in different stages of the docking process: in the preprocessing stage, rigid and flexible parts are identified and their possible conformations are modeled. This preprocessing provides information for the subsequent docking and refinement stages. In the docking stage, an ensemble of pre-generated conformations or the identified rigid domains may be docked separately. In the refinement stage, small-scale movements of the backbone and side-chains are modeled and the binding orientation is improved by rigid-body adjustments. For clarity of presentation, we divide the different methods into categories. This should allow the reader to focus on the most suitable method for a particular docking problem.
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影响因子：
2.9
作者：
Ben-Zeev, E;Kowalsman, N;Eisenstein, M
通讯作者：
Eisenstein, M
影响因子：
3
作者：
Bastard, K;Thureau, A;Prévost, C
通讯作者：
Prévost, C
DOI：
10.1016/s1359-0278(97)00024-2
发表时间：
1997-01-01
期刊：
FOLDING & DESIGN
影响因子：
--
作者：
Bahar, I;Atilgan, AR;Erman, B
通讯作者：
Erman, B
影响因子：
2.9
作者：
Chaudhury, Sidhartha;Sircar, Aroop;Gray, Jeffrey J.
通讯作者：
Gray, Jeffrey J.
影响因子：
5.6
作者：
BOUTONNET, NS;ROOMAN, MJ;WODAK, SJ
通讯作者：
WODAK, SJ