A Semiautomated ChIP-Seq Procedure for Large-scale Epigenetic Studies.
A Semiautomated ChIP-Seq Procedure for Large-scale Epigenetic Studies.
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DOI：
10.3791/61617
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发表时间：
2020-08-13
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Seumois G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cayford J;Herrera-da la Mata S;Schmiedel BJ;Chandra V;Vijayanand P;Seumois G
染色质免疫沉淀后测序（ChIP-Seq）是一种强大且广泛使用的方法，用于分析与特定组蛋白修饰（如H3K27ac）相关的染色质DNA，以帮助鉴定顺式调控DNA元件。完成ChIP-Seq的手工过程是劳动密集型的，技术上具有挑战性，并且通常需要大量细胞（10万个细胞）。这里描述的方法有助于克服这些挑战。详细描述了完整的半自动微型H3K27ac ChIP-Seq程序，包括细胞固定，染色质剪切，免疫沉淀和测序文库制备，批量48个样品，细胞数输入少于100,000个细胞。半自主平台减少了技术的可变性，提高了信噪比，并大大减少了劳动力。因此，该系统可以通过减少反应体积、限制昂贵试剂（如酶、磁珠、抗体）的数量和所需的动手时间来降低成本。ChIP-Seq方法的这些改进非常适合以高度可重复性的方式对有限细胞数量的临床样品进行大规模表观遗传学研究。
Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-Seq) is a powerful and widely used approach to profile chromatin DNA associated with specific histone modifications, such as H3K27ac, to help identify cis-regulatory DNA elements. The manual process to complete a ChIP-Seq is labor intensive, technically challenging, and often requires large-cell numbers (>100,000 cells). The method described here helps to overcome those challenges. A complete semiautomated, microscaled H3K27ac ChIP-Seq procedure including cell fixation, chromatin shearing, immunoprecipitation, and sequencing library preparation, for batch of 48 samples for cell number inputs less than 100,000 cells is described in detail. The semiautonomous platform reduces technical variability, improves signal-to-noise ratios, and drastically reduces labor. The system can thereby reduce costs by allowing for reduced reaction volumes, limiting the number of expensive reagents such as enzymes, magnetic beads, antibodies, and hands-on time required. These improvements to the ChIP-Seq method suit perfectly for large-scale epigenetic studies of clinical samples with limited cell numbers in a highly reproducible manner.
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10.1007/978-1-4939-7896-0_22
发表时间：
2018-01-01
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