A toolkit for analysing large-scale plant small RNA datasets
A toolkit for analysing large-scale plant small RNA datasets
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btn428
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发表时间：
2008-10-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Moulton, Vincent
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Moxon, Simon;Schwach, Frank;Moulton, Vincent
高通量测序技术的最新发展对分析小RNA序列的大数据集的工具产生了相当大的需求。在这里，我们描述了一套基于网络的工具，用于处理植物小RNA数据集。我们的工具可用于识别microRNA及其靶标，比较sRNA基因座中的表达水平，并找到推定的反式作用siRNA基因座。
Recent developments in high-throughput sequencing technologies have generated considerable demand for tools to analyse large datasets of small RNA sequences. Here, we describe a suite of web-based tools for processing plant small RNA datasets. Our tools can be used to identify micro RNAs and their targets, compare expression levels in sRNA loci, and find putative trans-acting siRNA loci.