PEGR: a flexible management platform for reproducible epigenomic and genomic research.
PEGR: a flexible management platform for reproducible epigenomic and genomic research.
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DOI：
10.1186/s13059-022-02671-5
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发表时间：
2022-04-19
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
由于传统的生物化学和信息学实验的复杂性，复制是（表观）基因组研究中的一个重大挑战。最近的进展加剧了这一点，因为高通量测序数据以前所未有的速度产生。在这里，我们报告了一个表观基因组研究平台（PEGR）的开发，这是一个基于网络的项目管理平台，可以跟踪和质量控制实验，从概念到出版准备的数字，与多种检测和生物信息学管道兼容。它支持在实验室工作的生物化学家的严谨性和再现性，同时通过与Galaxy平台的集成，完全支持生物信息学家的再现性和可靠性。在线版本包含补充材料，可通过10.1186/s13059-022-02671-5获得。
Reproducibility is a significant challenge in (epi)genomic research due to the complexity of experiments composed of traditional biochemistry and informatics. Recent advances have exacerbated this as high-throughput sequencing data is generated at an unprecedented pace. Here, we report the development of a Platform for Epi-Genomic Research (PEGR), a web-based project management platform that tracks and quality controls experiments from conception to publication-ready figures, compatible with multiple assays and bioinformatic pipelines. It supports rigor and reproducibility for biochemists working at the bench, while fully supporting reproducibility and reliability for bioinformaticians through integration with the Galaxy platform. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-022-02671-5.
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DOI：
10.1016/j.future.2014.10.008
发表时间：
2015-05-01
影响因子：
7.5
作者：
Deelman, Ewa;Vahi, Karan;Wenger, Kent
通讯作者：
Wenger, Kent
影响因子：
7
作者：
Lai WKM;Mariani L;Rothschild G;Smith ER;Venters BJ;Blanda TR;Kuntala PK;Bocklund K;Mairose J;Dweikat SN;Mistretta K;Rossi MJ;James D;Anderson JT;Phanor SK;Zhang W;Zhao Z;Shah AP;Novitzky K;McAnarney E;Keogh MC;Shilatifard A;Basu U;Bulyk ML;Pugh BF
通讯作者：
Pugh BF
影响因子：
64.5
作者：
Krietenstein N;Wal M;Watanabe S;Park B;Peterson CL;Pugh BF;Korber P
通讯作者：
Korber P
影响因子：
3
作者：
Bakay M;Chen YW;Borup R;Zhao P;Nagaraju K;Hoffman EP
通讯作者：
Hoffman EP
影响因子：
64.8
作者：
Roadmap Epigenomics Consortium;Kundaje A;Meuleman W;Ernst J;Bilenky M;Yen A;Heravi-Moussavi A;Kheradpour P;Zhang Z;Wang J;Ziller MJ;Amin V;Whitaker JW;Schultz MD;Ward LD;Sarkar A;Quon G;Sandstrom RS;Eaton ML;Wu YC;Pfenning AR;Wang X;Claussnitzer M;Liu Y;Coarfa C;Harris RA;Shoresh N;Epstein CB;Gjoneska E;Leung D;Xie W;Hawkins RD;Lister R;Hong C;Gascard P;Mungall AJ;Moore R;Chuah E;Tam A;Canfield TK;Hansen RS;Kaul R;Sabo PJ;Bansal MS;Carles A;Dixon JR;Farh KH;Feizi S;Karlic R;Kim AR;Kulkarni A;Li D;Lowdon R;Elliott G;Mercer TR;Neph SJ;Onuchic V;Polak P;Rajagopal N;Ray P;Sallari RC;Siebenthall KT;Sinnott-Armstrong NA;Stevens M;Thurman RE;Wu J;Zhang B;Zhou X;Beaudet AE;Boyer LA;De Jager PL;Farnham PJ;Fisher SJ;Haussler D;Jones SJ;Li W;Marra MA;McManus MT;Sunyaev S;Thomson JA;Tlsty TD;Tsai LH;Wang W;Waterland RA;Zhang MQ;Chadwick LH;Bernstein BE;Costello JF;Ecker JR;Hirst M;Meissner A;Milosavljevic A;Ren B;Stamatoyannopoulos JA;Wang T;Kellis M
通讯作者：
Kellis M