Phylogenetics and the human microbiome.
Phylogenetics and the human microbiome.
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DOI：
10.1093/sysbio/syu053
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发表时间：
2015-01
影响因子：
6.5
通讯作者：
Matsen FA 4th
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Matsen FA 4th
人类微生物组是生活在人体内部和表面的微生物中的基因集合。由于微生物测序信息现在比表型信息更容易获得，因此微生物组样本的测序和遗传分析出现了爆炸式增长。这些序列的大部分分析工作至少间接涉及系统发生学，但方法学的发展方向与系统发生学的其他应用略有不同。在这篇文章中，我回顾了该领域和它的方法从一个遗传学家的角度来看，以及描述目前的挑战，遗传学来自这种类型的工作。
The human microbiome is the ensemble of genes in the microbes that live inside and on the surface of humans. Because microbial sequencing information is now much easier to come by than phenotypic information, there has been an explosion of sequencing and genetic analysis of microbiome samples. Much of the analytical work for these sequences involves phylogenetics, at least indirectly, but methodology has developed in a somewhat different direction than for other applications of phylogenetics. In this article, I review the field and its methods from the perspective of a phylogeneticist, as well as describing current challenges for phylogenetics coming from this type of work.
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使用通用的unifrac距离将微生物组组成与环境协变量相关联。
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts342
发表时间：
2012-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Chen J;Bittinger K;Charlson ES;Hoffmann C;Lewis J;Wu GD;Collman RG;Bushman FD;Li H
通讯作者：
Li H
DOI：
10.1038/ismej.2012.8
发表时间：
2012-08
期刊：
The ISME journal
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Cheng L;Walker AW;Corander J
通讯作者：
Corander J
影响因子：
4.4
作者：
Ashelford, KE;Chuzhanova, NA;Weightman, AJ
通讯作者：
Weightman, AJ
影响因子：
4.4
作者：
Ashelford, Kevin E.;Chuzhanova, Nadia A.;Weightman, Andrew J.
通讯作者：
Weightman, Andrew J.