TSA-Seq 2.0 reveals both conserved and variable chromosomal distances to nuclear speckles
TSA-Seq 2.0 reveals both conserved and variable chromosomal distances to nuclear speckles
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TSA-Seq 2.0 揭示了核斑点的保守和可变染色体距离
DOI：
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
A. Belmont
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Liguo Zhang;Yang Zhang;Yu Chen;Omid Gholamalamdari;Jian Ma;A. Belmont
TSA-Seq测量染色体与全基因组特定核区室的距离，但需要≥ 1亿个细胞。我们报告了使用TSA-Seq 2.0的10-20倍的灵敏度增加，TSA-Seq 2.0故意使蛋白质标记饱和，但通过仍然不饱和的DNA标记保留距离映射。在四个细胞系的映射核斑点距离揭示了高度转录活性，保守的斑点相关的染色体结构域，但一小部分的基因组，高度相关的基因表达的变化的相对位移。
TSA-Seq measures chromosomal distances from specific nuclear compartments genome-wide but requires ≥100 million cells. We report 10-20-fold increased sensitivity using TSA-Seq 2.0 which deliberately saturates protein-labeling but preserves distance mapping by the still unsaturated DNA-labeling. Mapping nuclear speckle distances in four cell lines reveals highly transcriptionally active, conserved speckle-associated chromosome domains but relative shifts of a small fraction of the genome that highly correlates with changes in gene expression.
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